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- PDB-6s1j: Crystal Structure of DYRK1A with small molecule inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s1j
タイトルCrystal Structure of DYRK1A with small molecule inhibitor
要素Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
キーワードTRANSFERASE / Kinase / catalytic domain / phosphorylated
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation ...histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / G0 and Early G1 / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cytoskeletal protein binding / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / tubulin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / positive regulation of RNA splicing / peptidyl-threonine phosphorylation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / tau protein binding / circadian rhythm / peptidyl-tyrosine phosphorylation / : / nervous system development / actin binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / cytoskeleton / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / axon / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KRK / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.408 Å
データ登録者Sorrell, F.J. / Henderson, S.H. / Redondo, C. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Kinase Scaffold Repurposing in the Public Domain
著者: Sorrell, F.J. / Henderson, S.H. / Elkins, J.M. / Ward, S.
履歴
登録2019年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,20113
ポリマ－42,0821
非ポリマー1,11912
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.202, 69.671, 67.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.540, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-610-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / hMNB


分子量: 42081.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase

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非ポリマー , 5種, 324分子

#2: 化合物 ChemComp-KRK / 3-[2-[(3~{S})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]pyrimidin-4-yl]pyrazolo[1,5-b]pyridazine


分子量: 284.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13FN6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.2M ammonium sulfate -- 0.1M citrate pH 5.7 -- 0.2M sodium/potassium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→59.8 Å / Num. obs: 75809 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 12.44 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.204 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 924128 / Scaling rejects: 508
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.41-1.488.82.6817634686760.40.9292.8471.876
4.45-59.812.20.1183138825690.9940.0340.12320.9100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4mq1

4mq1


解像度: 1.408→59.801 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1758 3728 4.93 %
Rwork0.1554 71824 -
obs0.1564 75552 96.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.8 Å2 / Biso mean: 21.035 Å2 / Biso min: 6.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.408→59.801 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2734 0 124 312 3170
Biso mean--34.43 30.31 -
残基数----341
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4081-1.42590.2726940.25371783187765
1.4259-1.44470.24161090.23971920202970
1.4447-1.46450.26581040.22652152225678
1.4645-1.48540.22861430.21512304244784
1.4854-1.50760.24041380.21492632277096
1.5076-1.53110.22411390.201527472886100
1.5311-1.55620.21011400.191727872927100
1.5562-1.58310.2041380.183427602898100
1.5831-1.61190.20341290.18327622891100
1.6119-1.64290.22871330.177327762909100
1.6429-1.67640.20161330.179127762909100
1.6764-1.71290.21361550.180227302885100
1.7129-1.75270.19411430.179327632906100
1.7527-1.79650.18631540.181427692923100
1.7965-1.84510.19871330.165527862919100
1.8451-1.89940.18481310.156327862917100
1.8994-1.96070.18131320.15227582890100
1.9607-2.03080.15441420.138327732915100
2.0308-2.11210.14891600.129327682928100
2.1121-2.20830.15091500.128827482898100
2.2083-2.32470.16081380.129227992937100
2.3247-2.47030.13851450.136127632908100
2.4703-2.66110.16261510.140627842935100
2.6611-2.92890.161350.144827782913100
2.9289-3.35260.15491400.14728082948100
3.3526-4.22380.1511750.13327642939100
4.2238-59.85490.2041440.169528482992100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.74980.216-0.63831.4359-0.40562.4628-0.0669-0.0913-0.15230.06620.0179-0.06970.2010.06790.00360.0999-0.00090.00250.06810.01070.080424.8606-60.67145.4997
25.0905-4.113-1.00027.21831.3723.3262-0.1684-0.04890.08780.06270.14330.1471-0.268-0.03980.02540.0876-0.00470.00280.08770.0120.074927.0551-44.186437.0225
32.0313-0.04890.89190.4378-0.26941.7897-0.016-0.18790.02020.02940.06850.0427-0.0475-0.0941-0.08880.10430.00160.01050.07270.00280.08518.0802-50.913240.1889
45.9843-1.7878-1.83961.05480.17031.38310.0578-0.051-0.2494-0.2181-0.02240.2230.4848-0.2018-0.04210.2069-0.0387-0.0490.09090.01560.15863.7424-61.746423.0694
52.75080.44950.44951.7474-0.04391.00660.0027-0.082-0.0090.05370.01750.1233-0.0084-0.0823-0.01960.1090.00940.0060.08910.00510.079110.8528-44.315628.8702
63.6543.1483-0.05724.0582-0.70442.32070.1316-0.07310.18730.0646-0.0240.2739-0.083-0.0503-0.10830.10350.01010.01290.08660.00750.106411.6641-48.101133.7742
71.9937-2.0255-1.83492.0591.83552.17170.06960.06060.2667-0.19950.0385-0.2669-0.12910.1508-0.09640.12970.0033-0.00050.1740.02470.19428.9598-41.102125.4734
81.99310.0660.20780.80090.11771.52350.04830.1871-0.0664-0.1265-0.0121-0.02540.05170.0937-0.03160.1120.0228-0.00490.1002-0.00040.078817.0991-47.754813.253
91.81831.07060.18953.62190.15334.87210.0970.64450.2357-0.5951-0.0852-0.0267-0.27950.37280.00950.26880.03580.03460.36420.0570.170824.6736-41.985-1.038
102.59590.3673-2.29650.18960.04913.04830.07130.6404-0.1051-0.1538-0.08250.1199-0.0593-0.30540.01820.22840.0287-0.07470.2769-0.03640.15597.2489-50.77293.074
113.69342.20080.32314.53420.20712.97180.3837-0.057-0.6468-0.26940.08520.59890.4516-0.6736-0.35010.2225-0.0332-0.12790.32560.00760.3363-5.7325-53.541513.4606
124.43561.45020.90173.99270.64770.9739-0.0349-0.25860.1174-0.0817-0.08050.4473-0.0906-0.32610.08990.12340.0331-0.03580.188-0.00690.1563-1.8975-43.127315.1357
132.5176-1.4026-1.34442.16361.3213.9188-0.00560.00240.2348-0.09080.037-0.0292-0.18060.1341-0.01160.12090.0137-0.02160.08440.01240.102112.3092-34.950316.6298
144.7382-5.0843-0.99975.78610.82060.4032-0.2026-0.1617-0.0760.16510.08770.4876-0.1482-0.25960.13270.11030.03490.00340.12570.01420.129-0.7011-36.121921.9336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 134:193)A134 - 193
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 194:214)A194 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 215:248)A215 - 248
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 249:256)A249 - 256
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 257:299)A257 - 299
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 300:308)A300 - 308
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 309:320)A309 - 320
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 322:382)A322 - 382
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 383:407)A383 - 407
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 414:426)A414 - 426
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 427:441)A427 - 441
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 442:458)A442 - 458
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 459:474)A459 - 474
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 475:481)A475 - 481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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