PDB-6s18: Ligand binding domain of the P. putida receptor PcaY_PP in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s18

タイトル

Ligand binding domain of the P. putida receptor PcaY_PP in complex with glycerol

要素

Aromatic acid chemoreceptor

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Ligand binding domain / Pseudomonas putida / chemotactic transducer / C6-ring carboxylic acids

機能・相同性

機能・相同性情報

chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Mantilla, M.A. / Fernandez, M. / Krell, T.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: The structural basis for signal promiscuity in a bacterial chemoreceptor.
著者: Gavira, J.A. / Matilla, M.A. / Fernandez, M. / Krell, T.

履歴

登録	2019年6月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年11月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2021年4月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s18.cif.gz	156.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s18.ent.gz	119.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s18.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6s18_validation.pdf.gz	459.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s18_full_validation.pdf.gz	462.7 KB	表示
XML形式データ	6s18_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	6s18_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/6s18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/6s18	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s1aC 6s33C 6s37C 6s38C 6s3bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6s3b-d 2nxe-1 4w8w-3 3wz8-d 5p4s-d 6s37-d 4n4u-1 3peg-d 4y3w-d 3l57-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Aromatic acid chemoreceptor

B: Aromatic acid chemoreceptor

ヘテロ分子

119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: A, B

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.348, 67.768, 94.001
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Aromatic acid chemoreceptor 分子量: 59541.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ligand binding domain 由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア) 遺伝子: pcaY, PP_2643 / Variant: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q88JK6
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 8000, 0.1M Na Acetate, 0.1M Na-Cacodylate pH 6.50 Temp details: Incubator

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→47 Å / Num. obs: 38133 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 24 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 17.86
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.732 / Num. unique obs: 3766 / CC_1/2: 0.605 / R_pim(I) all: 0.389 / R_rim(I) all: 0.833 / % possible all: 99.42

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Arcimboldo		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.6→47 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.33

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1908	1917	5.04 %
R_work	0.1645	-	-
obs	0.1659	38052	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2123	0	7	206	2336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	2637
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.45	3608
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.706	2053
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	391
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	512

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2588	120	0.2388	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.6844	0.2431	131	0.2126	2517	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6844-1.7339	0.2068	131	0.1941	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7339-1.7899	0.2432	153	0.184	2518	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7899-1.8539	0.2261	137	0.1729	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8539-1.9281	0.2064	148	0.1709	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9281-2.0159	0.1965	126	0.1615	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0159-2.1221	0.1964	129	0.1573	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1221-2.2551	0.1931	117	0.1507	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2551-2.4292	0.1871	141	0.1577	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4292-2.6737	0.1888	151	0.1602	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6737-3.0605	0.1968	133	0.1681	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0605-3.8556	0.1682	162	0.1504	2613	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8556-47.021	0.1876	138	0.1686	2755	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2564	-2.6275	0.2132	6.5668	1.1101	2.5389	0.0121	0.0201	-0.4783	0.2132	0.1614	0.1587	0.4709	0.2374	-0.1149	0.1664	0.0306	-0.036	0.1968	-0.0079	0.1532	28.9234	41.4983	38.6282
2	4.7161	-3.6416	-0.129	8.8409	2.6331	3.4187	0.0926	0.1824	-0.3026	0.1828	0.1755	-0.3123	0.3605	0.306	-0.1911	0.1326	0.0065	-0.0442	0.1962	-0.0295	0.164	33.3638	47.6677	41.4268
3	4.9663	-3.0987	0.7031	6.5038	1.3788	2.9207	0.0818	0.4674	0.2679	-0.3394	0.1032	-1.0871	-0.1812	0.5908	-0.11	0.187	-0.0578	0.0408	0.3977	0.015	0.3421	37.4258	51.4963	33.0701
4	1.7299	-0.9364	0.1598	6.1098	1.3479	2.7825	0.1294	0.2838	-0.0162	-0.5489	-0.0054	-0.2519	0.0739	0.1597	-0.1065	0.2293	0.0518	-0.0141	0.3743	-0.0511	0.2172	31.4745	40.1555	28.6175
5	2.279	0.5845	-0.2267	8.7666	-0.8562	3.1013	-0.0217	0.1689	-0.3035	-0.2841	-0.0694	0.1035	0.4279	0.1068	0.0705	0.1582	0.0185	0.0013	0.1896	-0.0261	0.1262	19.0082	42.6411	31.5264
6	2.2858	1.5006	-1.7721	4.2458	-3.1438	4.1662	-0.13	0.3169	0.1308	-0.5101	0.1792	0.4439	0.2815	-0.1928	-0.0473	0.2101	-0.0087	-0.0569	0.2628	-0.012	0.1627	14.6835	48.0799	26.58
7	2.7579	2.1823	-0.8887	5.778	-1.5734	3.9197	-0.2462	0.0406	-0.1231	-0.3789	0.1136	0.0841	0.5013	-0.2924	0.0234	0.1428	-0.007	0.0207	0.1911	-0.0219	0.1786	9.8728	45.9437	37.8611
8	2.3064	0.0799	-0.0478	2.5561	-1.274	3.1953	0.0651	-0.1152	-0.2889	0.2947	-0.2595	0.0473	0.2525	0.1836	0.1671	0.1649	0.0091	0.023	0.2426	0.0328	0.2093	17.2982	46.0922	42.5315

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 48 through 84 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 85 through 118 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 119 through 150 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 151 through 190 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 51 through 84 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 85 through 115 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 116 through 150 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 151 through 183 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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