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- PDB-6s09: C-terminally extended and N-terminally truncated variant of FimA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s09
タイトルC-terminally extended and N-terminally truncated variant of FimA E. coli at 1.5 Angstrom resolution
要素FimA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / FimA / pilus / monomer / subunit / pili / synthetic / construct / main structural subunit / high resolution / C terminus / reversed / Oligo Glycine / Linker
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell adhesion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / FimA / Type-1 fimbrial protein, A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.502 Å
データ登録者Zyla, D. / Echeverria, B. / Glockshuber, R.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_176403/1 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_156304 スイス
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Donor strand sequence, rather than donor strand orientation, determines the stability and non-equilibrium folding of the type 1 pilus subunit FimA.
著者: Zyla, D. / Echeverria, B. / Glockshuber, R.
履歴
登録2019年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: FimA
A: FimA
B: FimA
C: FimA
D: FimA
E: FimA
G: FimA
H: FimA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,55215
ポリマ－129,9898
非ポリマー5637
水35,3451962
1
F: FimA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3452
ポリマ－16,2491
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: FimA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2491
ポリマ－16,2491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: FimA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3452
ポリマ－16,2491
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: FimA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4284
ポリマ－16,2491
非ポリマー1793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
D: FimA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2491
ポリマ－16,2491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
E: FimA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3452
ポリマ－16,2491
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: FimA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2491
ポリマ－16,2491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: FimA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3452
ポリマ－16,2491
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.310, 105.230, 106.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
FimA


分子量: 16248.625 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fimA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M4YRT1, UniProt: P04128*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1962 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 28% PEG 8k, 0.1 M Di-Sodium Acetate pH 4.5 and 0.2 M Lithium Sulfate.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月16日
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→47.687 Å / Num. obs: 165865 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.617 % / Biso Wilson estimate: 22.434 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.367 / Rrim(I) all: 0.376 / Χ2: 0.817 / Net I/σ(I): 5.87 / Num. measured all: 2756146 / Scaling rejects: 1374
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.547.5712.1940.879179512141121250.2762.35399.9
1.54-1.588.1581.8411.099659111851118400.4011.96499.9
1.58-1.638.1741.5711.39445611562115560.4861.67599.9
1.63-1.688.1321.2921.589121711219112170.5851.378100
1.68-1.7310.9261.1472.0511829310830108270.6691.203100
1.73-1.812.4720.8992.8213137910534105340.8010.937100
1.8-1.8611.6790.7583.2711867310161101610.8480.792100
1.86-1.9412.8980.5864.49126309979397930.9080.61100
1.94-2.0315.450.6485.43145552942194210.9320.668100
2.03-2.1224.690.8626.34221663897889780.9340.88100
2.12-2.2426.3330.7777.05225703857185710.950.792100
2.24-2.3726.6750.687.84216256810781070.9560.693100
2.37-2.5426.3930.5868.77201668764176410.9670.597100
2.54-2.7425.4610.4829.78181894714471440.9750.492100
2.74-325.2880.3911.42166094656865680.9830.398100
3-3.3623.5980.29213.17140854596959690.9890.298100
3.36-3.8824.9950.24215.45132650530753070.9920.247100
3.88-4.7524.4980.20117.22110582451445140.9930.205100
4.75-6.7226.8920.17718.9495438354935490.9940.181100
6.72-47.68724.0230.16519.3649079205020430.9860.16999.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.15-rc3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JTY

2jty


解像度: 1.502→47.687 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.36
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2058 3318 2 %Random selection
Rwork0.1688 ---
obs0.1696 165836 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.68 Å2 / Biso mean: 21.3096 Å2 / Biso min: 7.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.502→47.687 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8991 0 33 1962 10986
Biso mean--57.08 31.11 -
残基数----1300
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.502-1.52350.33611370.318666976834
1.5235-1.54620.31651370.300666896826
1.5462-1.57040.33861370.287167026839
1.5704-1.59610.31941360.278466976833
1.5961-1.62360.33251370.276366906827
1.6236-1.65320.30311370.266967306867
1.6532-1.6850.28071370.254867196856
1.685-1.71940.30581370.247766726809
1.7194-1.75670.29461370.238267486885
1.7567-1.79760.25171380.210467496887
1.7976-1.84260.24051380.199567476885
1.8426-1.89240.21321370.181267256862
1.8924-1.94810.21121370.167967406877
1.9481-2.01090.21671380.16867436881
2.0109-2.08280.19331380.15267486886
2.0828-2.16620.21371380.152167696907
2.1662-2.26480.17961380.146567716909
2.2648-2.38420.18181390.148367896928
2.3842-2.53360.20041380.147467956933
2.5336-2.72920.19941390.15268086947
2.7292-3.00380.19911400.147668336973
3.0038-3.43830.16621400.13568667006
3.4383-4.33150.15751410.128569217062
4.3315-47.71080.16351470.151371707317
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8575-0.0284-0.07983.8445-4.3715.7769-0.1056-0.1391-0.3278-0.0391-0.0952-0.68920.31790.02770.20950.1172-0.0047-0.00440.1040.01190.12621.024-5.8192-26.8595
22.9701-1.5271-0.11956.0867-1.76556.4176-0.2318-1.7602-0.5897-0.2939-0.365-1.36570.16890.13570.58770.34480.02380.01870.77470.19230.682324.747-13.5874-28.5808
32.5999-1.6635-0.56255.78750.56091.38590.11240.05340.1225-0.1945-0.11030.158-0.1421-0.06410.02070.1328-0.0126-0.00740.1511-0.00430.126211.792812.3873-32.1233
41.0737-1.35651.45584.1369-5.12956.6481-0.0594-0.0173-0.01020.01860.0851-0.1435-0.178-0.016-0.07930.10320.00140.00580.1031-0.00330.1298-14.2371-8.951422.398
50.45120.3574-0.49341.6548-2.83384.86930.00650.03240.0141-0.03140.00060.0163-0.09270.0246-0.0220.0991-0.00650.00390.1049-0.00170.1113-8.2507-7.96299.8795
60.78240.0180.35380.5742-0.59721.128-0.04850.0782-0.0253-0.01720.0540.0095-0.04160.0054-0.01740.0795-0.0067-0.00230.0933-0.01720.0872-13.711-11.33767.2533
71.81320.2836-0.2332.8379-1.40284.633-0.016-0.2744-0.4884-0.22550.17620.14840.6166-0.1653-0.120.1431-0.0289-0.00720.13440.03590.1892-17.3491-18.490717.9921
81.22272.4635-1.07586.1939-4.58525.70170.054-0.1158-0.2918-0.1975-0.02150.23320.2157-0.1779-0.13410.11280.00030.00750.16010.03970.2321-19.5323-11.765218.875
95.92935.9877-7.67836.0801-7.79179.98410.374-0.06320.17630.36830.02970.117-0.5321-0.0078-0.42310.14330.0219-0.00090.14790.01160.1172-10.31036.3479-0.6278
100.14390.6556-0.31644.6035-2.86191.9478-0.0491-0.07760.0231-0.45060.09960.02310.2438-0.0137-0.03070.1539-0.0220.00710.1288-0.01540.1395-10.2676-45.0297-8.879
118.77646.3955-3.60798.0321-4.14277.46790.0763-0.1545-0.2630.333-0.1393-0.2-0.0758-0.2410.06060.10970.0170.00210.11680.00440.1022-9.0363-57.76493.9511
120.6740.5023-0.25847.77690.77311.70470.0907-0.07250.2312-0.2460.02690.0401-0.30570.0213-0.06950.1001-0.01780.0470.1081-0.03670.1622-5.9223-28.3011-5.9301
132.3840.97350.09273.0492-0.18360.49660.0112-0.066-0.1289-0.06810.00040.12280.0724-0.09340.00330.0812-0.01140.00830.1247-0.00390.0787-16.8889-47.45591.0626
143.24371.4963-0.31373.26110.252.84630.1075-0.28730.12350.001-0.0821-0.0598-0.02760.0526-0.05750.0930.00510.02150.0765-0.0440.1018-6.9419-29.8051-0.1746
150.93181.3453-0.34144.3842-1.02020.89240.0439-0.0875-0.0760.1053-0.0413-0.00360.03030.0253-0.01320.07540.00130.00940.1122-0.01760.0976-11.1857-50.3109-1.6661
164.23974.18132.24355.52043.4612.5329-0.1342-0.06640.35160.1715-0.02730.542-0.0068-0.0920.21290.0899-0.00530.01710.0971-0.01190.0956-16.1735-34.9757-3.5933
170.4098-0.1251-0.25773.91093.54063.2534-0.1179-0.1270.2339-0.1971-0.0460.2012-0.3108-0.1910.20540.16340.0446-0.03050.1573-0.03770.1989-15.6022-33.7247-5.0589
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23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 122 through 140 )B122 - 140
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 141 through 158 )B141 - 158
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'B' and (resid 159 through 166 )B159 - 166
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 1 through 23 )C1 - 23
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 24 through 96 )C24 - 96
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 97 through 110 )C97 - 110
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 111 through 141 )C111 - 141
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 142 through 152 )C142 - 152
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 153 through 164 )C153 - 164
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 1 through 23 )D1 - 23
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 24 through 33 )D24 - 33
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 34 through 131 )D34 - 131
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 132 through 141 )D132 - 141
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 142 through 157 )D142 - 157
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 158 through 166 )D158 - 166
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resid 1 through 10 )E1 - 10
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'E' and (resid 11 through 23 )E11 - 23
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'E' and (resid 24 through 33 )E24 - 33
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'E' and (resid 34 through 49 )E34 - 49
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'E' and (resid 50 through 66 )E50 - 66
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'E' and (resid 67 through 80 )E67 - 80
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'E' and (resid 81 through 110 )E81 - 110
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'E' and (resid 111 through 131 )E111 - 131
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'E' and (resid 132 through 141 )E132 - 141
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'E' and (resid 142 through 152 )E142 - 152
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'E' and (resid 153 through 166 )E153 - 166
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'G' and (resid 1 through 23 )G1 - 23
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'G' and (resid 24 through 33 )G24 - 33
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'G' and (resid 34 through 66 )G34 - 66
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'G' and (resid 67 through 131 )G67 - 131
53X-RAY DIFFRACTION53chain 'G' and (resid 132 through 141 )G132 - 141
54X-RAY DIFFRACTION54chain 'G' and (resid 142 through 166 )G142 - 166
55X-RAY DIFFRACTION55chain 'H' and (resid 1 through 10 )H1 - 10
56X-RAY DIFFRACTION56chain 'H' and (resid 11 through 23 )H11 - 23
57X-RAY DIFFRACTION57chain 'H' and (resid 24 through 33 )H24 - 33
58X-RAY DIFFRACTION58chain 'H' and (resid 34 through 49 )H34 - 49
59X-RAY DIFFRACTION59chain 'H' and (resid 50 through 66 )H50 - 66
60X-RAY DIFFRACTION60chain 'H' and (resid 67 through 80 )H67 - 80
61X-RAY DIFFRACTION61chain 'H' and (resid 81 through 131 )H81 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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