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万見
- PDB-6ryp: Bacterial membrane enzyme structure by the in meso method at 2.3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ryp
タイトルBacterial membrane enzyme structure by the in meso method at 2.3 A resolution
要素Lipoprotein signal peptidase
キーワードHYDROLASE / in meso / Lipid cubic phases / lipoprotein signal peptidase / Myxovirescin
機能・相同性
機能・相同性情報


signal peptidase II / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase A8, signal peptidase II / Signal peptidase (SPase) II / Signal peptidases II signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Myxovirescin A / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lipoprotein signal peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Huang, C.Y. / Olatunji, S. / Bailey, J. / Yu, X. / Olieric, V. / Wang, M. / Caffrey, M.
資金援助 アイルランド, スイス, 2件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland16/IA/4435 アイルランド
European Union701647 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structures of lipoprotein signal peptidase II from Staphylococcus aureus complexed with antibiotics globomycin and myxovirescin.
著者: Olatunji, S. / Yu, X. / Bailey, J. / Huang, C.Y. / Zapotoczna, M. / Bowen, K. / Remskar, M. / Muller, R. / Scanlan, E.M. / Geoghegan, J.A. / Olieric, V. / Caffrey, M.
履歴
登録2019年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein signal peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,53719
ポリマ－21,2281
非ポリマー4,31018
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.170, 54.170, 317.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A--1-

HIS

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lipoprotein signal peptidase / Prolipoprotein signal peptidase / Signal peptidase II / SPase II


分子量: 21227.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: lspA, lsp, SAR1172 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GHN9, signal peptidase II

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非ポリマー , 6種, 30分子

#2: 化合物 ChemComp-KNH / Myxovirescin A


分子量: 623.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H61NO8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM MES/NaOH pH 6.5, 40 %(v/v) PEG400, 400 mM ammonium fluoride and 80 mM magnesium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.4 Å / Num. obs: 23038 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.69 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 7.69
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1740 / CC1/2: 0.22 / Rrim(I) all: 2.79 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: model from D_1292102692

解像度: 2.3→46.4 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2811 1129 4.9 %
Rwork0.2545 --
obs0.2557 23038 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1284 0 220 12 1516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0011520
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3722019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.661129
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002234
LS精密化 シェル最高解像度: 2.3 Å
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.9986 Å / Origin y: 15.4438 Å / Origin z: 2.7499 Å
111213212223313233
T0.4864 Å20.0266 Å20.0304 Å2-0.5273 Å20.0169 Å2--0.5886 Å2
L0.9577 °20.0057 °20.5032 °2-2.1118 °2-0.0517 °2--1.5936 °2
S0.0403 Å °0.0467 Å °0.028 Å °-0.044 Å °0.074 Å °-0.0438 Å °-0.2457 Å °0.0077 Å °-0.1138 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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