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万見
- PDB-6rym: Structure of carbohydrate recognition domain with GlcNAc bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rym
タイトルStructure of carbohydrate recognition domain with GlcNAc bound
要素Conglutinin
キーワードIMMUNE SYSTEM / carbohydrate recognition domain / lectin / collectin / sugar binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / collagen trimer / D-mannose binding / extracellular matrix organization / collagen-containing extracellular matrix / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Lung surfactant protein D coiled-coil trimerisation / Lung surfactant protein D coiled-coil trimerisation / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain ...Lung surfactant protein D coiled-coil trimerisation / Lung surfactant protein D coiled-coil trimerisation / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Conglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Shrive, A.K. / Greenhough, T.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Atomic-resolution crystal structures of the immune protein conglutinin from cow reveal specific interactions of its binding site withN-acetylglucosamine.
著者: Paterson, J.M. / Shaw, A.J. / Burns, I. / Dodds, A.W. / Prasad, A. / Reid, K.B. / Greenhough, T.J. / Shrive, A.K.
履歴
登録2019年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6055
ポリマ－14,0831
非ポリマー5234
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: From known literature, active molecule is composed of four trimeric units - trimeric unit is composed of N-terminal domain, collagen-like helix, alpha-helical coiled-coil and 3 carbohydrate ...根拠: From known literature, active molecule is composed of four trimeric units - trimeric unit is composed of N-terminal domain, collagen-like helix, alpha-helical coiled-coil and 3 carbohydrate recognition domains. As the structure only contains a carbohydrate recognition domain, it is only a monomer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area6270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.225, 50.225, 51.925
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Conglutinin


分子量: 14082.562 Da / 分子数: 1 / 断片: carbohydrate recognition domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CGN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23805
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 % / Mosaicity: 0.17 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.457→25.106 Å / Num. obs: 18321 / % possible obs: 80.8 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rrim(I) all: 0.054 / Rsym value: 0.036 / Net I/av σ(I): 9.9 / Net I/σ(I): 31.5 / Num. measured all: 118264
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.46-1.542.60.1212.818577140.1860.1218.421.8
1.54-1.634.30.0539.5732816990.0820.05318.354.8
1.63-1.746.20.04413.31633726450.0610.04425.590.1
1.74-1.8870.03914.61881726990.0550.03931.299.9
1.88-2.0670.03615.61778925280.0490.03634100
2.06-2.37.10.03516.51595122610.0470.03536.599.5
2.3-2.667.20.03416.41440820110.0450.03438.199.8
2.66-3.267.20.033161232817150.0450.03339.499.6
3.26-4.616.70.03612.9878613100.0620.03637.699.2
4.61-25.1066.30.03513.846637390.0630.03536.397.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.1.4データスケーリング
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 6RYJ

6ryj


解像度: 1.46→25.106 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.032 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.075
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1841 945 5.2 %RANDOM
Rwork0.1614 ---
obs0.1625 17355 80.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 52.52 Å2 / Biso mean: 14.2 Å2 / Biso min: 6.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.46→25.106 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数940 0 32 149 1121
Biso mean--15.92 25.05 -
残基数----122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.014995
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.018846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.6991349
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9741.6932002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7045123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.41425.09453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.02715161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.271154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02172
LS精密化 シェル解像度: 1.457→1.494 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree2.093 9 -
Rwork0.894 204 -
all-213 -
obs--12.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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