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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ryd | ||||||
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タイトル | WUS-HD bound to TGAA DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Homeodomain Transcription factor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stomium development / anther development / axillary shoot meristem initiation / stem cell population maintenance / cell differentiation / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.575 Å | ||||||
データ登録者 | Sloan, J.J. / Wild, K. / Sinning, I. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structural basis for the complex DNA binding behavior of the plant stem cell regulator WUSCHEL. 著者: Sloan, J. / Hakenjos, J.P. / Gebert, M. / Ermakova, O. / Gumiero, A. / Stier, G. / Wild, K. / Sinning, I. / Lohmann, J.U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ryd.cif.gz | 199.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ryd.ent.gz | 154.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ryd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ryd_validation.pdf.gz | 471.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ryd_full_validation.pdf.gz | 473.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ryd_validation.xml.gz | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ryd_validation.cif.gz | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/6ryd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/6ryd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8949.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: WUS, PGA6, At2g17950, T27K22.18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SB92 #2: DNA鎖 | 分子量: 4986.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) #3: DNA鎖 | 分子量: 4808.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 8% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97242 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.575→43.62 Å / Num. obs: 59197 / % possible obs: 98.82 % / 冗長度: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.02557 / Net I/σ(I): 12.14 |
反射 シェル | 解像度: 1.575→1.631 Å / Num. unique obs: 5914 / CC1/2: 0.778 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6RY3 解像度: 1.575→34.38 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 24.95
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 101.83 Å2 / Biso mean: 38.701 Å2 / Biso min: 14.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.575→34.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22
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