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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rxn | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF RUBREDOXIN FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS | ||||||
![]() | RUBREDOXIN![]() | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSFER(IRON-SULFUR PROTEIN) | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Stenkamp, R.E. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of rubredoxin from Desulfovibrio desulfuricans strain 27774 at 1.5 A resolution. 著者: Stenkamp, R.E. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H. #1: ![]() タイトル: Structure of Rubredoxin from the Bacterium Desulfovibrio Desulfuricans 著者: Sieker, L.C. / Stenkamp, R.E. / Jensen, L.H. / Prickril, B. / Legall, J. #2: ![]() タイトル: Crystallographic Study of Rubredoxin from the Bacterium Desulfovibrio Desulfuricans Strain 27774 著者: Sieker, L.C. / Jensen, L.H. / Pickril, B.C. / Legall, J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET RESIDUES 4 - 7, 11 - 13, AND 48 - 52 DISPLAY A SHEET-LIKE HYDROGEN BONDING PATTERN, BUT THE ...SHEET RESIDUES 4 - 7, 11 - 13, AND 48 - 52 DISPLAY A SHEET-LIKE HYDROGEN BONDING PATTERN, BUT THE TORSION ANGLES FOR THE POLYPEPTIDE CHAIN ARE NOT IDEAL FOR BETA SHEETS. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 20.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 14.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THIS ENTRY CONTAINS ALTERNATE SIDE CHAIN CONFORMATIONS FOR RESIDUES GLU 12, GLN 32, CYS 38, AND LYS 46. 2: RESIDUES 4 - 7, 11 - 13, AND 48 - 52 DISPLAY A SHEET-LIKE HYDROGEN BONDING PATTERN, BUT THE TORSION ANGLES FOR THE POLYPEPTIDE CHAIN ARE NOT IDEAL FOR BETA SHEETS. |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 5129.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P04170 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.87 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | *PLUS 温度: 23 ℃ / pH: 4 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / Num. measured all: 11616 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.5→5 Å 詳細: THE FE ATOM HAS BEEN REFINED WITH AN ANISOTROPIC TEMPERATURE FACTOR. THE VALUE GIVEN IN THE B-VALUE FIELD IS THE EQUIVALENT B-VALUE. (B(EQ) = 8*PI**2*(U11+U22+U33)/3). THE ANISOTROPIC ...詳細: THE FE ATOM HAS BEEN REFINED WITH AN ANISOTROPIC TEMPERATURE FACTOR. THE VALUE GIVEN IN THE B-VALUE FIELD IS THE EQUIVALENT B-VALUE. (B(EQ) = 8*PI**2*(U11+U22+U33)/3). THE ANISOTROPIC TEMPERATURE FACTORS FOR THE FE IN U(IJ) ARE U(1,1) = 0.0923 U(2,2) = 0.0932 U(3,3) = 0.0762 U(1,2) = 0.0132 U(1,3) = -0.0013 U(2,3) = -0.0030
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→5 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 5 Å / Num. reflection obs: 4867 / Rfactor obs: 0.093 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |