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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rxh | |||||||||
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タイトル | In-flow serial synchrotron crystallography using a 3D-printed microfluidic device (3D-MiXD): Aspartate alpha-decarboxylase | |||||||||
![]() | (Aspartate 1-decarboxylase) x 2 | |||||||||
![]() | LYASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() alanine biosynthetic process / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / protein autoprocessing / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Monteiro, D.C.F. / von Stetten, D. / Pearson, A.R. / Trebbin, M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: 3D-MiXD: 3D-printed X-ray-compatible microfluidic devices for rapid, low-consumption serial synchrotron crystallography data collection in flow. 著者: Monteiro, D.C.F. / von Stetten, D. / Stohrer, C. / Sans, M. / Pearson, A.R. / Santoni, G. / van der Linden, P. / Trebbin, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6rxiC ![]() 1aw8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4770.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: ADC beta-chain after post-translational modification 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A403CTL2, UniProt: P0A790*PLUS, aspartate 1-decarboxylase #2: タンパク質 | 分子量: 11010.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: ADC alpha-chain after post-translational modification 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A3U0WEI2, UniProt: P0A790*PLUS, aspartate 1-decarboxylase #3: 化合物 | ChemComp-UNX / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.78 % / 解説: cuboid microcrystals |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 3.8 詳細: 1:3 protein:mother liquor mixture. 25 mg/mL of ADC in 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.1 mM DTT. Mother liquor: 1.95 M (NH4)2SO4, 100 mM citrate/di-sodium phosphate buffer pH 3.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→63.05 Å / Num. obs: 24287 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6006 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / R split: 0.04 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.08 Å / 冗長度: 4356 % / Num. unique obs: 2374 / R split: 0.4 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1AW8 解像度: 2→63.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.699 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.161 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→63.05 Å
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拘束条件 |
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