+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rxc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Leishmania major pteridine reductase 1 (LmPTR1) in complex with inhibitor 4 (NMT-C0026) | ||||||
要素 | (Pteridine reductase 1) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Leishmania major / pteridine reductase / LmPTR1 / pteridine based inhibitors | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pteridine reductase / 6,7-dihydropteridine reductase activity / pteridine reductase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / response to methotrexate / oxidoreductase activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Leishmania major (大形リーシュマニア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Di Pisa, F. / Dello Iacono, L. / Pozzi, C. / Mangani, S. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Multitarget, Selective Compound Design Yields Potent Inhibitors of a Kinetoplastid Pteridine Reductase 1. 著者: Pohner, I. / Quotadamo, A. / Panecka-Hofman, J. / Luciani, R. / Santucci, M. / Linciano, P. / Landi, G. / Di Pisa, F. / Dello Iacono, L. / Pozzi, C. / Mangani, S. / Gul, S. / Witt, G. / ...著者: Pohner, I. / Quotadamo, A. / Panecka-Hofman, J. / Luciani, R. / Santucci, M. / Linciano, P. / Landi, G. / Di Pisa, F. / Dello Iacono, L. / Pozzi, C. / Mangani, S. / Gul, S. / Witt, G. / Ellinger, B. / Kuzikov, M. / Santarem, N. / Cordeiro-da-Silva, A. / Costi, M.P. / Venturelli, A. / Wade, R.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rxc.cif.gz | 227.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6rxc.ent.gz | 180.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rxc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6rxc_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6rxc_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6rxc_validation.xml.gz | 50.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6rxc_validation.cif.gz | 69.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/6rxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/6rxc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30722.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: PTR1, HMTXR, L1063.01, LmjF23.0270, LmjF_23_0270 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01782, pteridine reductase #2: タンパク質 | 分子量: 30738.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: PTR1, HMTXR, L1063.01, LmjF23.0270, LmjF_23_0270 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01782, pteridine reductase #3: 化合物 | ChemComp-NDP / #4: 化合物 | ChemComp-KMK / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.12 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: Protein solution: 12.5 mg/mL in 20 mM Sodium Acetate pH 5.3 and 10 mM DTT; Crystallization buffer: 12% PEG4600, 100 mM Sodium Acetate pH 5.5 and 120-160 mM Calcium Acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月4日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→82.5 Å / Num. obs: 78229 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 11390 / CC1/2: 0.836 / Rpim(I) all: 0.2 / Rrim(I) all: 0.434 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5L4N 解像度: 2.1→82.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 5.273 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.192
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.602 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.265 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→82.5 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|