+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6rxa | |||||||||
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Title | EDDS lyase variant D290M/Y320M with bound formate | |||||||||
Components | Argininosuccinate lyase | |||||||||
Keywords | LYASE / EDDS lyase / C-N lyase / aspartase/fumarase / protein engineering | |||||||||
Function / homology | Function and homology information argininosuccinate lyase / argininosuccinate lyase activity / arginine biosynthetic process via ornithine / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Chelativorans sp. | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.44 Å | |||||||||
Authors | Grandi, E. / Poelarends, G.J. / Thunnissen, A.M.W.H. | |||||||||
Funding support | Netherlands, 2items
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Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2020 Title: Engineered C-N Lyase: Enantioselective Synthesis of Chiral Synthons for Artificial Dipeptide Sweeteners. Authors: Zhang, J. / Grandi, E. / Fu, H. / Saravanan, T. / Bothof, L. / Tepper, P.G. / Thunnissen, A.W.H. / Poelarends, G.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6rxa.cif.gz | 283.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6rxa.ent.gz | 233.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6rxa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6rxa_validation.pdf.gz | 446.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6rxa_full_validation.pdf.gz | 447 KB | Display | |
Data in XML | 6rxa_validation.xml.gz | 20 KB | Display | |
Data in CIF | 6rxa_validation.cif.gz | 29.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/6rxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/6rxa | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6rx8C 6g3dS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 55742.379 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D290M and Y320M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chelativorans sp. (strain BNC1) (bacteria) Strain: BNC1 / Gene: Meso_0564 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q11KV9 | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.42 Å3/Da / Density % sol: 64 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 3 M sodium formate, 200 mM Bis-Tris propane, pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 1.0723 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 19, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0723 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.43→71.95 Å / Num. obs: 139233 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 554372 / Scaling rejects: 605 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6G3D Resolution: 1.44→51.265 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / Phase error: 19.94
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 124.99 Å2 / Biso mean: 23.1943 Å2 / Biso min: 9.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.44→51.265 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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