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- PDB-6rx8: EDDS lyase variant D290M/Y320M with bound fumarate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rx8
タイトルEDDS lyase variant D290M/Y320M with bound fumarate
要素Argininosuccinate lyase
キーワードLYASE / EDDS lyase / C-N lyase / aspartase/fumarase / protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


argininosuccinate lyase / argininosuccinate lyase activity / arginine biosynthetic process via ornithine / cytosol
類似検索 - 分子機能
Argininosuccinate lyase / Argininosuccinate lyase, C-terminal / Argininosuccinate lyase C-terminal / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
FUMARIC ACID / argininosuccinate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Chelativorans sp.
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Grandi, E. / Poelarends, G.J. / Thunnissen, A.M.W.H.
資金援助 オランダ, 2件
組織認可番号国
European Research Council713483 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research724.016.002 オランダ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Engineered C-N Lyase: Enantioselective Synthesis of Chiral Synthons for Artificial Dipeptide Sweeteners.
著者: Zhang, J. / Grandi, E. / Fu, H. / Saravanan, T. / Bothof, L. / Tepper, P.G. / Thunnissen, A.W.H. / Poelarends, G.J.
履歴
登録2019年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 2.12024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Argininosuccinate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0215
ポリマ－55,7421
非ポリマー2784
水4,864270
1
A: Argininosuccinate lyase
ヘテロ分子

A: Argininosuccinate lyase
ヘテロ分子

A: Argininosuccinate lyase
ヘテロ分子

A: Argininosuccinate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,08220
ポリマ－222,9704
非ポリマー1,11216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area35240 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area57750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.160, 144.230, 144.451
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-603-

NA

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要素

#1: タンパク質 Argininosuccinate lyase


分子量: 55742.379 Da / 分子数: 1 / 変異: D290M and Y320M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chelativorans sp. (strain BNC1) (バクテリア)
株: BNC1 / 遺伝子: Meso_0564 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q11KV9
#2: 化合物 ChemComp-FUM / FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.3 M sodium fumarate and 100 mM Bis-Tris propane, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年11月6日 / 詳細: Incoatec Helios optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→23.97 Å / Num. obs: 56145 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 287231 / Scaling rejects: 461
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.92-1.974.40.7851416432390.7780.4030.8861.385.8
9.01-23.974.90.02527745710.9990.0130.0292994.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.14rc1_3161精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G3D

6g3d


解像度: 1.92→22.836 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 23.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 4761 4.4 %
Rwork0.1878 103520 -
obs0.1892 56037 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.5 Å2 / Biso mean: 27.3159 Å2 / Biso min: 12.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→22.836 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3808 0 18 270 4096
Biso mean--28.09 25.32 -
残基数----497
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9203-1.94210.6085830.5452128221161
1.9421-1.96490.33471330.274935683701100
1.9649-1.98890.25481400.256935253665100
1.9889-2.01410.28512320.259734063638100
2.0141-2.04050.31251400.248435963736100
2.0405-2.06850.24621370.238635383675100
2.0685-2.0980.27631630.233634703633100
2.098-2.12930.31751540.234734953649100
2.1293-2.16250.27151420.236235423684100
2.1625-2.1980.23221610.210434473608100
2.198-2.23580.24141480.213335403688100
2.2358-2.27650.31551600.210834793639100
2.2765-2.32020.25231950.20633529372499
2.3202-2.36750.27481130.212735143627100
2.3675-2.41890.19861090.19853576368599
2.4189-2.47510.20231810.19753433361499
2.4751-2.5370.20462230.192834513674100
2.537-2.60550.21691900.20423449363999
2.6055-2.6820.2517850.19383590367599
2.682-2.76840.22781660.19023454362099
2.7684-2.86720.20962250.20273403362899
2.8672-2.98180.26011220.20493565368799
2.9818-3.11720.23981900.19513429361999
3.1172-3.28110.19812590.18223421368099
3.2811-3.4860.21582260.17583385361199
3.486-3.7540.18131830.15693488367199
3.754-4.12980.16831230.13933483360699
4.1298-4.72280.14641030.12393538364199
4.7228-5.93290.19920.146135913683100
5.9329-22.83780.1911830.15963487367099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05830.40791.00881.73271.40732.27710.10670.2414-0.2133-0.2257-0.0545-0.06370.30410.1457-0.04550.33970.0790.03340.2526-0.05860.2923-55.6653-41.3093-16.5305
20.36110.90650.58984.20683.60283.2912-0.0444-0.09040.00090.26310.3002-0.45660.13530.3625-0.28080.19510.0541-0.08790.2971-0.02790.2569-41.0148-1.782819.9949
30.18670.08940.04810.6630.06130.2206-0.0343-0.04480.02590.13790.0312-0.1076-0.00050.0744-0.00060.17750.0164-0.02910.2067-0.01170.1796-55.47940.790816.0188
40.15620.03270.04170.4378-0.10920.3304-0.0278-0.0357-0.02950.10560.0358-0.03910.0398-0.0061-0.01150.18860.01830.00910.1902-0.00230.1752-67.0426-11.416810.9094
51.18620.05710.05681.77870.98053.66710.06410.2378-0.1933-0.3307-0.0461-0.0570.31280.11050.00030.28020.05310.03830.1957-0.04470.2582-60.3558-37.3896-13.7795
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 400 through 450 )A400 - 450
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 451 through 501 )A451 - 501
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 5 through 262 )A5 - 262
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 263 through 348 )A263 - 348
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 349 through 399 )A349 - 399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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