PDB-6ru0: Light-Regulation of Imidazole Glycerol Phosphate Synthase by Inte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ru0

タイトル

Light-Regulation of Imidazole Glycerol Phosphate Synthase by Interference with its Allosteric Machinery through Photo-Sensitive Unnatural Amino Acids

要素

Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF
Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH

キーワード

LYASE / unnatural amino acids / phenylalanine-4'-azobenzene (AzoF) / o-nitropiperonyl-O-tyrosine (NPY)

機能・相同性

機能・相同性情報

imidazole glycerol-phosphate synthase / imidazoleglycerol-phosphate synthase activity / glutaminase / glutaminase activity / L-histidine biosynthetic process / lyase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.648 Å

データ登録者

Kneuttinger, A. / Rajendran, C. / Sterner, R.

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Light Regulation of Enzyme Allostery through Photo-responsive Unnatural Amino Acids.
著者: Kneuttinger, A.C. / Straub, K. / Bittner, P. / Simeth, N.A. / Bruckmann, A. / Busch, F. / Rajendran, C. / Hupfeld, E. / Wysocki, V.H. / Horinek, D. / Konig, B. / Merkl, R. / Sterner, R.

履歴

登録	2019年5月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ru0.cif.gz	271.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ru0.ent.gz	220.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ru0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ru0_validation.pdf.gz	405.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ru0_full_validation.pdf.gz	310 KB	表示
XML形式データ	6ru0_validation.xml.gz	40.7 KB	表示
CIF形式データ	6ru0_validation.cif.gz	60.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/6ru0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/6ru0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rtzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ie0-2 5k5c-d 3ie1-1 5k44-d 3a4y-2 5v0t-2 3a4y-1 5lb8-1 3iek-2 2527 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF

B: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH

C: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF

D: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH

E: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF

F: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH

ヘテロ分子

153 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF

B: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF

D: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF

F: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.415, 95.415, 165.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF / IGP synthase cyclase subunit / IGP synthase subunit HisF / ImGP synthase subunit HisF / IGPS subunit HisF 分子量: 27813.967 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: hisF, TM_1036 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9X0C6, imidazole glycerol-phosphate synthase
#2: タンパク質	Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH / IGP synthase glutaminase subunit / IGP synthase subunit HisH / ImGP synthase subunit HisH / IGPS ...IGP synthase glutaminase subunit / IGP synthase subunit HisH / ImGP synthase subunit HisH / IGPS subunit HisH / TmHisH 分子量: 23130.564 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: hisH, TM_1038 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9X0C8, imidazole glycerol-phosphate synthase, glutaminase
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.648→45.96 Å / Num. obs: 49035 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 10.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1046 / R_pim(I) all: 0.03405 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 17.15
反射シェル	解像度: 2.648→2.743 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 1.782 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4795 / CC_1/2: 0.378 / R_pim(I) all: 0.5977 / R_rim(I) all: 1.881 / % possible all: 98.06

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.648→45.964 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2721	4897	5 %
R_work	0.2071	-	-
obs	0.2104	49035	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.648→45.964 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10648	0	15	60	10723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10879
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.152	14661
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.126	7829
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1642
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1897

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6482-2.6783	0.4078	143	0.3443	2703	X-RAY DIFFRACTION	91
2.6783-2.7098	0.3722	168	0.3575	3195	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7098-2.7429	0.3686	164	0.3394	3116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7429-2.7776	0.3985	163	0.3319	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7776-2.8141	0.399	166	0.3153	3150	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8141-2.8527	0.3807	166	0.3099	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8527-2.8934	0.3564	163	0.3027	3131	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8934-2.9366	0.3428	162	0.2858	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9366-2.9825	0.3521	164	0.2837	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9825-3.0314	0.3356	160	0.2749	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0314-3.0836	0.3475	168	0.2657	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0836-3.1397	0.3717	160	0.2643	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1397-3.2001	0.3222	166	0.2549	3158	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2001-3.2654	0.3282	162	0.2443	3063	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2654-3.3363	0.3368	160	0.2406	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3363-3.4139	0.3149	170	0.2408	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4139-3.4993	0.3077	162	0.2395	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4993-3.5939	0.317	164	0.2389	3122	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5939-3.6996	0.3637	162	0.2699	3046	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6996-3.8189	0.3045	168	0.2257	3205	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8189-3.9553	0.2613	160	0.1883	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9553-4.1136	0.2291	162	0.1844	3084	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1136-4.3007	0.2472	166	0.1725	3122	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3007-4.5273	0.2233	164	0.1672	3128	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5273-4.8106	0.2077	164	0.1635	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8106-5.1816	0.2382	164	0.1629	3117	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1816-5.7022	0.2444	166	0.1661	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7022-6.5253	0.2269	160	0.1905	3049	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5253-8.2135	0.2493	166	0.1865	3130	X-RAY DIFFRACTION	100
8.2135-45.9705	0.2222	164	0.1693	3114	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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