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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ru0 | ||||||
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タイトル | Light-Regulation of Imidazole Glycerol Phosphate Synthase by Interference with its Allosteric Machinery through Photo-Sensitive Unnatural Amino Acids | ||||||
要素 |
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キーワード | LYASE / unnatural amino acids / phenylalanine-4'-azobenzene (AzoF) / o-nitropiperonyl-O-tyrosine (NPY) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 imidazole glycerol-phosphate synthase / imidazoleglycerol-phosphate synthase activity / glutaminase / L-histidine biosynthetic process / glutaminase activity / glutamine metabolic process / lyase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.648 Å | ||||||
データ登録者 | Kneuttinger, A. / Rajendran, C. / Sterner, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019 タイトル: Light Regulation of Enzyme Allostery through Photo-responsive Unnatural Amino Acids. 著者: Kneuttinger, A.C. / Straub, K. / Bittner, P. / Simeth, N.A. / Bruckmann, A. / Busch, F. / Rajendran, C. / Hupfeld, E. / Wysocki, V.H. / Horinek, D. / Konig, B. / Merkl, R. / Sterner, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ru0.cif.gz | 271.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ru0.ent.gz | 220.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ru0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ru0_validation.pdf.gz | 405.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ru0_full_validation.pdf.gz | 310 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ru0_validation.xml.gz | 40.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ru0_validation.cif.gz | 60.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/6ru0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/6ru0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27813.967 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: hisF, TM_1036 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9X0C6, imidazole glycerol-phosphate synthase #2: タンパク質 | 分子量: 23130.564 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: hisH, TM_1038 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9X0C8, imidazole glycerol-phosphate synthase, glutaminase #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.648→45.96 Å / Num. obs: 49035 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1046 / Rpim(I) all: 0.03405 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 17.15 |
反射 シェル | 解像度: 2.648→2.743 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 1.782 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4795 / CC1/2: 0.378 / Rpim(I) all: 0.5977 / Rrim(I) all: 1.881 / % possible all: 98.06 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.648→45.964 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.91 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.648→45.964 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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