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万見
- PDB-6rtz: Light-Regulation of Imidazole Glycerol Phosphate Synthase by Inte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rtz
タイトルLight-Regulation of Imidazole Glycerol Phosphate Synthase by Interference with its Allosteric Machinery through Photo-Sensitive Unnatural Amino Acids
要素
  • Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF
  • Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH
キーワードLYASE / unnatural amino acids / phenylalanine-4'-azobenzene (AzoF) / o-nitropiperonyl-O-tyrosine (NPY)
機能・相同性
機能・相同性情報


imidazole glycerol-phosphate synthase / imidazoleglycerol-phosphate synthase activity / glutaminase / glutaminase activity / L-histidine biosynthetic process / lyase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Imidazole glycerol phosphate synthase, subunit H / Histidine biosynthesis, HisF / : / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Ribulose-phosphate binding barrel ...Imidazole glycerol phosphate synthase, subunit H / Histidine biosynthesis, HisF / : / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Ribulose-phosphate binding barrel / Class I glutamine amidotransferase-like / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF / Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Kneuttinger, A. / Rajendran, C. / Sterner, R.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Light Regulation of Enzyme Allostery through Photo-responsive Unnatural Amino Acids.
著者: Kneuttinger, A.C. / Straub, K. / Bittner, P. / Simeth, N.A. / Bruckmann, A. / Busch, F. / Rajendran, C. / Hupfeld, E. / Wysocki, V.H. / Horinek, D. / Konig, B. / Merkl, R. / Sterner, R.
履歴
登録2019年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF
B: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0744
ポリマ－50,8842
非ポリマー1902
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.643, 94.643, 166.068
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF / IGP synthase cyclase subunit / IGP synthase subunit HisF / ImGP synthase subunit HisF / IGPS subunit HisF


分子量: 27753.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: hisF, TM_1036 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X0C6, imidazole glycerol-phosphate synthase
#2: タンパク質 Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH / IGP synthase glutaminase subunit / IGP synthase subunit HisH / ImGP synthase subunit HisH / IGPS ...IGP synthase glutaminase subunit / IGP synthase subunit HisH / ImGP synthase subunit HisH / IGPS subunit HisH / TmHisH


分子量: 23130.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: hisH, TM_1038 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X0C8, imidazole glycerol-phosphate synthase, glutaminase
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.771→45.87 Å / Num. all: 420130 / Num. obs: 22345 / % possible obs: 98.95 % / 冗長度: 18.8 % / Biso Wilson estimate: 57.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.2061 / Rpim(I) all: 0.04882 / Rrim(I) all: 0.2119 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2.771→2.87 Å / 冗長度: 17.9 % / Rmerge(I) obs: 0.9248 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 36856 / Num. unique obs: 1996 / CC1/2: 0.853 / Rpim(I) all: 0.2174 / Rrim(I) all: 0.9514 / % possible all: 89.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GPW

1gpw


解像度: 2.87→45.87 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3361 2091 5 %
Rwork0.2742 --
obs0.2773 41792 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.87→45.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3543 0 10 96 3649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0764868
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.0512164
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006629
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.771-2.83550.43871220.39082211X-RAY DIFFRACTION83
2.8355-2.90640.41391400.29522666X-RAY DIFFRACTION100
2.9064-2.98490.32391430.27842697X-RAY DIFFRACTION100
2.9849-3.07280.3431390.2772678X-RAY DIFFRACTION100
3.0728-3.17190.41321370.27372661X-RAY DIFFRACTION100
3.1719-3.28520.32231440.27482682X-RAY DIFFRACTION100
3.2852-3.41670.39441420.27152689X-RAY DIFFRACTION100
3.4167-3.57220.31611360.26822676X-RAY DIFFRACTION100
3.5722-3.76040.31631440.2682678X-RAY DIFFRACTION100
3.7604-3.99590.28921410.24732681X-RAY DIFFRACTION100
3.9959-4.30420.31410.2422675X-RAY DIFFRACTION100
4.3042-4.7370.28441390.24942680X-RAY DIFFRACTION100
4.737-5.42150.31121400.26232663X-RAY DIFFRACTION100
5.4215-6.82690.37641430.28722700X-RAY DIFFRACTION100
6.8269-45.880.38441400.31382664X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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