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- PDB-6rsk: Cytochrome c co-crystallized with 20 eq. sulfonato-calix[8]arene ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rsk
タイトルCytochrome c co-crystallized with 20 eq. sulfonato-calix[8]arene and 15 eq. spermine - structure II
要素Cytochrome c iso-1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Molecular glues / Molecular switch / spermine / polyamine / calixarene / supramolecular chemistry
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
sulfonato-calix[8]arene / HEME C / SPERMINE / Cytochrome c isoform 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Engilberge, S. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland13/CDA/2168 アイルランド
引用ジャーナル: Acs Nano / 年: 2019
タイトル: Tuning Protein Frameworks via Auxiliary Supramolecular Interactions.
著者: Engilberge, S. / Rennie, M.L. / Dumont, E. / Crowley, P.B.
履歴
登録2019年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c iso-1
B: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,12325
ポリマ－24,0842
非ポリマー12,04023
水3,225179
1
A: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,11013
ポリマ－12,0421
非ポリマー6,06812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,01412
ポリマ－12,0421
非ポリマー5,97211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.459, 100.459, 89.539
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome c iso-1


分子量: 12041.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00044

-
非ポリマー , 5種, 202分子

#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-EVB / sulfonato-calix[8]arene / カリックス[8]アレ-ン-p-スルホン酸


分子量: 1489.481 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H48O32S8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: red cubic crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.15 M NaCl, 2.2 M Ammonium sulfate, 0.04 M sulfonato-calix[8]arene, 0.03 M spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.306→71.035 Å / Num. obs: 20779 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.9 % / Biso Wilson estimate: 53.26 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.306→2.346 Å / Rmerge(I) obs: 1.871 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1006 / CC1/2: 0.748 / Rpim(I) all: 0.358 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GD9

6gd9


解像度: 2.31→66.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU R Cruickshank DPI: 0.368 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.243 / SU Rfree Blow DPI: 0.191 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.181
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1095 5.27 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.185 20775 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7076 Å20 Å20 Å2
2---1.7076 Å20 Å2
3---3.4152 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.31→66.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1692 0 773 179 2644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014244HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.157484HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d962SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes4HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes602HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4244HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.08
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion216SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4178SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.32 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1955 -3.85 %
Rwork0.2208 400 -
all0.22 416 -
obs--99.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3287-0.41820.28490.4152-0.08310.4642-0.00130.00380.00910.0097-0.01410.01330.01290.02080.0154-0.04380.02250.00470.00150.02320.0047-31.4782-5.5307-1.0741
200.0194-0.37810.32610.01740.4392-0.00520.010.01380.01450.0010.00610.0148-0.00340.0042-0.0025-0.10.04510.01090.0127-0.0372-36.442613.285232.9527
30.17910.2076-0.13530.0811-0.06460.0712-0.00070.00650.00080.0025-0.0013-0.0015-0.00470.00820.00190.001-0.0040.0019-0.0053-0.00260.0007-34.295117.042529.3
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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