[日本語] English
万見
- PDB-6rs3: 2'-F-riboguanosine modified G-quadruplex with V-loop -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rs3
タイトル2'-F-riboguanosine modified G-quadruplex with V-loop
要素F1415
キーワードDNA / G-quadruplex / V-loop
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing / molecular dynamics
データ登録者Haase, L. / Weisz, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationDFG WE 1933/15-1 ドイツ
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2020
タイトル: Sugar Puckering Drives G-Quadruplex Refolding: Implications for V-Shaped Loops.
著者: Haase, L. / Dickerhoff, J. / Weisz, K.
履歴
登録2019年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: F1415


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0081
ポリマ－7,0081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: no quaternary structure
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3780 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: DNA鎖 F1415


分子量: 7008.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
221isotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
241isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
152isotropic12D DQF-COSY
161isotropic12D 1H-13C HMBC
271isotropic12D 1H-13C HMBC
182isotropic12D 1H-1H NOESY
293isotropic11D 1H-15N HMBC
2104isotropic11D 1H-15N HMBC
2115isotropic11D 1H-15N HMBC
2126isotropic11D 1H-15N HMBC
2137isotropic11D 1H-15N HMBC
2148isotropic11D 1H-15N HMBC
2159isotropic11D 1H-15N HMBC
21610isotropic11D 1H-15N HMBC
21711isotropic11D 1H-15N HMBC
21812isotropic11D 1H-15N HMBC
21913isotropic11D 1H-15N HMBC
12013isotropic11D 1H-15N HMBC
22114isotropic11D 1H-15N HMBC
12214isotropic11D 1H-15N HMBC
22315isotropic11D 1H-15N HMBC
12415isotropic11D 1H-15N HMBC
22516isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
12616isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
22717isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
12817isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
22916isotropic12D DQF-COSY
13016isotropic12D DQF-COSY
23117isotropic12D DQF-COSY
13217isotropic12D DQF-COSY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM F1415, 90% H2O/10% D2OF141590% H2O/10% D2O
solution21.0 mM F1415, 100% D2OF1415_ex100% D2O
solution30.2 mM 15N 10% G1 F1415, 90% H2O/10% D2OF1415(1)90% H2O/10% D2O
solution40.2 mM 15N 10% G2 F1415, 90% H2O/10% D2OF1415(2)90% H2O/10% D2O
solution50.2 mM 15N 10% G3 F1415, 90% H2O/10% D2OF1415(3)90% H2O/10% D2O
solution60.2 mM 15N 10% G6 F1415, 90% H2O/10% D2OF1415(6)90% H2O/10% D2O
solution70.2 mM 15N 10% G17 F1415, 90% H2O/10% D2OF1415(7)90% H2O/10% D2O
solution80.2 mM 15N 10% G8 F1415, 90% H2O/10% D2OF1415(8)90% H2O/10% D2O
solution90.2 mM 15N 10% G16 F1415, 90% H2O/10% D2OF1415(16)90% H2O/10% D2O
solution100.2 mM 15N 10% G17 F1415, 90% H2O/10% D2OF1415(17)90% H2O/10% D2O
solution110.2 mM 15N 10% G20 F1415, 90% H2O/10% D2OF1415(20)90% H2O/10% D2O
solution120.2 mM 15N 10% G21 F1415, 90% H2O/10% D2OF1415(21)90% H2O/10% D2O
solution130.2 mM 15N 10% A9 F1415, 90% H2O/10% D2OF1415(A9)90% H2O/10% D2O
solution140.2 mM 15N 10% A11 F1415, 90% H2O/10% D2OF1415(A11)90% H2O/10% D2O
solution150.2 mM 15N 10% A13 F1415, 90% H2O/10% D2OF1415(A13)90% H2O/10% D2O
solution160.4 mM F1415(10MeC), 90% H2O/10% D2OF1415(10MeC)90% H2O/10% D2O
solution170.4 mM F1415(12MeC), 90% H2O/10% D2OF1415(12MeC)90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMF1415natural abundance1
1.0 mMF1415natural abundance2
0.2 mMF141515N 10% G13
0.2 mMF141515N 10% G24
0.2 mMF141515N 10% G35
0.2 mMF141515N 10% G66
0.2 mMF141515N 10% G177
0.2 mMF141515N 10% G88
0.2 mMF141515N 10% G169
0.2 mMF141515N 10% G1710
0.2 mMF141515N 10% G2011
0.2 mMF141515N 10% G2112
0.2 mMF141515N 10% A913
0.2 mMF141515N 10% A1114
0.2 mMF141515N 10% A1315
0.4 mMF1415(10MeC)natural abundance16
0.4 mMF1415(12MeC)natural abundance17
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
110 mM potassium phosphate buffer at pH 715 mM40deg10mMKP7 1 atm313 K
210 mM potassium phosphate buffer at pH 715 mM25deg10mMKP7 1 atm298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: Cryoprobe

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin4.0.4Bruker Biospin解析
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
Xplor-NIH2.49Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
Amber16Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing3
molecular dynamics4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る