[日本語] English
万見
- PDB-6rrm: Crystal structure of LdtMt2 from Mycobacterium tuberculosis bound... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rrm
タイトルCrystal structure of LdtMt2 from Mycobacterium tuberculosis bound to Ebselen
要素L,D-transpeptidase 2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / beta lactmase / antibiotic resistance / tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall biogenesis / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan metabolic process / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region ...peptidoglycan-based cell wall biogenesis / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan metabolic process / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain ...Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-phenyl-2-selanylbenzamide / AMMONIUM ION / L,D-transpeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis CDC1551 (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Brem, J. / Lohans, C. / Schofield, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019
タイトル: Targeting the Mycobacterium tuberculosis transpeptidase LdtMt2with cysteine-reactive inhibitors including ebselen.
著者: de Munnik, M. / Lohans, C.T. / Lang, P.A. / Langley, G.W. / Malla, T.R. / Tumber, A. / Schofield, C.J. / Brem, J.
履歴
登録2019年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年4月12日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: L,D-transpeptidase 2
B: L,D-transpeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,84710
ポリマ－76,0242
非ポリマー8238
水9,584532
1
A: L,D-transpeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4175
ポリマ－38,0121
非ポリマー4044
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: L,D-transpeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4315
ポリマ－38,0121
非ポリマー4184
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.220, 93.570, 75.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.010, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 L,D-transpeptidase 2 / LDT 2 / Ldt(Mt2)


分子量: 38012.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis CDC1551 (結核菌)
遺伝子: ldtB, MT2594, V735_02606 / Variant: CDC 1551 / Oshkosh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O53223, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 540分子

#2: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-9JT / N-phenyl-2-selanylbenzamide / ~{N}-phenyl-2-selanyl-benzamide / Ebselen, bound form / 2-(フェニルアミニオカルボニル)フェニルセレニド


分子量: 276.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11NOSe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 0.2 M Ammonium nitrate pH 6.3, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月2日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→58.7 Å / Num. obs: 103762 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 690195 / Scaling rejects: 30
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.64-1.686.81.5635170576190.570.6431.6921.1100
7.33-58.76.60.043801212150.9980.0190.04734.699.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.55 Å61.03 Å
Translation4.55 Å61.03 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DUJ

5duj


解像度: 1.64→48.753 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 5088 4.91 %
Rwork0.2001 --
obs0.2012 103680 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.24 Å2 / Biso mean: 37.4962 Å2 / Biso min: 17.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→48.753 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5222 0 65 538 5825
Biso mean--50.68 42.45 -
残基数----702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065552
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.817622
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057843
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051010
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9623177
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.64-1.65870.42141690.397232453414100
1.6587-1.67820.39371590.381632813440100
1.6782-1.69860.3561750.3632863461100
1.6986-1.72010.4161630.350933133476100
1.7201-1.74280.35351560.325132683424100
1.7428-1.76660.32541580.301432553413100
1.7666-1.79190.32171770.285733043481100
1.7919-1.81860.33271740.275632683442100
1.8186-1.84710.31081630.26333083471100
1.8471-1.87730.31861690.248632693438100
1.8773-1.90970.29331580.237832893447100
1.9097-1.94440.29421570.236332693426100
1.9444-1.98180.25571670.21533223489100
1.9818-2.02230.24121610.217532343395100
2.0223-2.06630.25891880.220332903478100
2.0663-2.11430.26921790.212132983477100
2.1143-2.16720.24631950.203632403435100
2.1672-2.22580.24131690.196433033472100
2.2258-2.29130.21821630.199732773440100
2.2913-2.36530.25061730.18932693442100
2.3653-2.44980.23521800.195932983478100
2.4498-2.54790.23371630.189632883451100
2.5479-2.66380.22131690.197532853454100
2.6638-2.80420.25781830.208132793462100
2.8042-2.97990.24011790.208732443423100
2.9799-3.210.23761630.197333083471100
3.21-3.53290.20131640.191433043468100
3.5329-4.04390.18451870.17543294348199
4.0439-5.0940.1571770.150333103487100
5.094-48.77420.17421500.186933943544100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3982-0.64961.12941.4333-0.28572.59080.0405-0.21920.24290.0574-0.1116-0.1919-0.21660.0960.05060.2272-0.03830.00980.20540.00740.229813.4339-91.434854.5638
20.0210.0292-0.24290.6688-0.89063.02360.0176-0.08990.04660.09020.0632-0.0494-0.03990.1798-0.08820.21650.04020.00210.3447-0.02260.2804-11.2902-87.3982-11.5905
36.9434-0.4584-0.65351.74530.9254.29240.49150.2078-0.78760.109-0.07290.39940.5852-0.3267-0.0120.46580.121-0.15920.4022-0.00740.2958-27.8092-99.823914.9677
41.5274-0.2358-0.4060.97040.3413.22390.21260.0495-0.25140.0602-0.1035-0.00860.34050.0962-0.14380.37330.0783-0.05990.2937-0.02380.2606-17.6931-97.130116.8762
50.00680.1626-0.37010.24941.36374.28890.02670.15470.0036-0.07320.0947-0.0465-0.01260.4353-0.11390.25990.0894-0.00380.36620.0310.253510.3521-102.743217.2768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 249 through 407 )A249 - 407
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 57 through 289 )B57 - 289
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 290 through 318 )B290 - 318
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 319 through 407 )B319 - 407
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 57 through 248 )A57 - 248

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る