+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rqm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | A blocking anti-CTLA-4 Nanobody (KN044) complexed with CTLA-4 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Antibody / check-point / CTLA-4 / receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / CTLA4 inhibitory signaling / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response ...protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / CTLA4 inhibitory signaling / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Camelus bactrianus (フタコブラクダ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, F. / Zhou, A. / Gao, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A blocking anti-CTLA-4 Nanobody (KN044) complexed with CTLA-4 著者: Gao, H. / Zhou, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rqm.cif.gz | 103.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6rqm.ent.gz | 80.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rqm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6rqm_validation.pdf.gz | 425.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6rqm_full_validation.pdf.gz | 426.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6rqm_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6rqm_validation.cif.gz | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/6rqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/6rqm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 15308.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: C-terminal His-tag residues are missing due to weak electron density. 由来: (組換発現) Camelus bactrianus (フタコブラクダ) 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 13381.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: missing residues due to weak electron density / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTLA4, CD152 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16410 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG400, |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→68 Å / Num. obs: 6820 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 18.8 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1068 / Χ2: 0.99 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5JDS, 3OSK 解像度: 3→67.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.887 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 62.596 / SU ML: 0.469 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.501 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 93.615 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→67.73 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|