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- PDB-6rq7: Gadolinium MRI contrast compound binding in human plasma glycopro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rq7
タイトルGadolinium MRI contrast compound binding in human plasma glycoprotein afamin - resurrection of highly anisotropic data
要素Afamin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Afamin / glycoproteins / hydrophobic ligands / conformational variability / Wnt-signalling / gadoteridol
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport within extracellular region / vitamin E binding / vitamin transport / protein stabilization / blood microparticle / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DO3 / GADOLINIUM ATOM / Afamin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Rupp, B. / Bowler, M.W. / Naschberger, A. / Juyoux, P. / vonVelsen, J.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP28395-B26 オーストリア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Controlled dehydration, structural flexibility and gadolinium MRI contrast compound binding in the human plasma glycoprotein afamin.
著者: Naschberger, A. / Juyoux, P. / von Velsen, J. / Rupp, B. / Bowler, M.W.
履歴
登録2019年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月8日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.type
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Afamin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,19610
ポリマ－67,6441
非ポリマー2,5529
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area23640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.352, 109.734, 48.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Afamin / Alpha-albumin / Alpha-Alb


分子量: 67644.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AFM, ALB2, ALBA / プラスミド: PFASTBACHBM/TOPO / Cell (発現宿主): SF21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43652
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウム


分子量: 157.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物 ChemComp-DO3 / 10-((2R)-2-HYDROXYPROPYL)-1,4,7,10-TETRAAZACYCLODODECANE 1,4,7-TRIACETIC ACID


分子量: 404.459 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32N4O7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: Crap 0.071 x 0.074 x 0.081 mm
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Stock: 5 mg/ml AFM in 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, incubated with 10mM Gd-DO3A Drop: 200 nL AFM stock + 200 nL of precipitate in hanging drop vapor diffusion (EMBL HTX) Precipitant: 23 to ...詳細: Stock: 5 mg/ml AFM in 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, incubated with 10mM Gd-DO3A Drop: 200 nL AFM stock + 200 nL of precipitate in hanging drop vapor diffusion (EMBL HTX) Precipitant: 23 to 28% PEG4k, 0.2M NH4SO4, 0.1 M CH3COONH4, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Guesswork / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96598 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月15日 / 詳細: BE CRL
放射モノクロメーター: C110 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96598 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→75.24 Å / Num. obs: 9591 / % possible obs: 85.2 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 59.1 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rrim(I) all: 0.2 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.7→3.02 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 486 / CC1/2: 0.8 / Rrim(I) all: 0.68 / % possible all: 62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータ収集
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OKL_B

解像度: 2.69→75.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.801 / SU B: 30.777 / SU ML: 0.567 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.719 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33544 482 5.1 %RANDOM
Rwork0.26257 ---
obs0.26629 9041 59.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.545 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.67 Å20 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→75.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3866 0 143 0 4009
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0134027
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1911.6535443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0291.5788638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5995476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8423.411214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.93415729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9861520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.040.2533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02814
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2112.0491913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.20912.0491912
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.90222.5832383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.90222.5832384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.31512.9132114
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.31412.9132115
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.34823.8363060
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.5780.0954554
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.56880.0884555
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.686→2.755 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 2 -
Rwork0.355 60 -
obs--5.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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