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- PDB-6rp4: CDT of SidD, deAMPylase from Legionella pneumophila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rp4
タイトルCDT of SidD, deAMPylase from Legionella pneumophila
要素Adenosine monophosphate-protein hydrolase SidD
キーワードHYDROLASE / Legionella pneumphila effector
機能・相同性
機能・相同性情報


protein deadenylylation / protein adenylylhydrolase activity / protein adenylylation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / regulation of GTPase activity / small GTPase binding / hydrolase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / SidD, catalytic domain / SidD, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenosine monophosphate-protein hydrolase SidD / SidD
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tascon, I. / Lucas, M. / Rojas, A.L. / Hierro, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2017-88766-R スペイン
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: Structural insight into the membrane targeting domain of the Legionella deAMPylase SidD.
著者: Tascon, I. / Li, X. / Lucas, M. / Nelson, D. / Vidaurrazaga, A. / Lin, Y.H. / Rojas, A.L. / Hierro, A. / Machner, M.P.
履歴
登録2019年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine monophosphate-protein hydrolase SidD
B: Adenosine monophosphate-protein hydrolase SidD
C: Adenosine monophosphate-protein hydrolase SidD
D: Adenosine monophosphate-protein hydrolase SidD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,18919
ポリマ－70,3934
非ポリマー79615
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-222 kcal/mol
Surface area26320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.579, 165.579, 68.712
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Adenosine monophosphate-protein hydrolase SidD / SidD


分子量: 17598.170 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: C3927_12395 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6RCR2, UniProt: Q5ZSQ2*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 73分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2.0M NaCl, 0.1M sodium acetate (pH 4.6) and 20% glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.49→47.799 Å / Num. obs: 37987 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.38 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.076 / Net I/σ(I): 21.76 / Num. measured all: 432311
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.49-2.6411.3591.9121.5169037611260780.5852.00199.4
2.64-2.8211.5281.1182.765733571257020.8231.1799.8
2.82-3.0411.5040.5046.2561535535553490.9630.52899.9
3.04-3.3311.5070.22413.1156524492249120.9920.23499.8
3.33-3.7211.490.10524.7851347446944690.9980.11100
3.72-4.311.4470.05640.0845480397439730.9990.058100
4.3-5.2511.3410.03854.89379253344334410.039100
5.25-7.3810.9890.04451.5429001263926390.9990.046100
7.38-47.79910.3410.02575.47157291535152110.02699.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→47.799 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 50.12 / 位相誤差: 32.52 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2961 1936 5.18 %
Rwork0.2632 35390 -
obs0.2717 37398 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.19 Å2 / Biso mean: 65.5299 Å2 / Biso min: 17.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→47.799 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4002 0 35 58 4095
Biso mean--61.63 55.92 -
残基数----504
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5007-2.56310.40581250.35582564268995
2.5631-2.63230.38791380.35782479261794
2.6323-2.70960.36831220.35132502262495
2.7096-2.79690.4181380.34022522266095
2.7969-2.89670.3991380.33282510264895
2.8967-3.01240.3321250.32552510263595
3.0124-3.14910.35551470.31832522266994
3.1491-3.31460.35431630.30462507267094
3.3146-3.52150.31051380.28152499263795
3.5215-3.79210.28341260.27772538266495
3.7921-4.17140.27791430.26032533267695
4.1714-4.76970.2551450.22832538268395
4.7697-5.98920.30011460.24842556270295
5.9892-22.01730.27411420.22292610275295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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