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- PDB-6rnk: Crystal structure of a humanized (K18E, K269N) rat succinate rece... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rnk
タイトルCrystal structure of a humanized (K18E, K269N) rat succinate receptor SUCNR1 (GPR91) in complex with a nanobody and antagonist NF-56-EJ40.
要素
  • Nanobody6
  • Succinate receptor 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SUCNR1 / GPR91 / GPCR / G-Protein coupled receptor / Nanobody / Antagonist / Succinate / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / regulation of angiotensin metabolic process / renin secretion into blood stream / positive regulation of chemotaxis / macrophage activation involved in immune response / G alpha (i) signalling events / energy homeostasis / G protein-coupled receptor activity / response to calcium ion / positive regulation of inflammatory response ...Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / regulation of angiotensin metabolic process / renin secretion into blood stream / positive regulation of chemotaxis / macrophage activation involved in immune response / G alpha (i) signalling events / energy homeostasis / G protein-coupled receptor activity / response to calcium ion / positive regulation of inflammatory response / glucose homeostasis / signaling receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KAZ / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Succinate receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Haffke, M. / Jaakola, V.-P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structural basis of species-selective antagonist binding to the succinate receptor.
著者: Haffke, M. / Fehlmann, D. / Rummel, G. / Boivineau, J. / Duckely, M. / Gommermann, N. / Cotesta, S. / Sirockin, F. / Freuler, F. / Littlewood-Evans, A. / Kaupmann, K. / Jaakola, V.P.
履歴
登録2019年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id / _software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinate receptor 1
B: Nanobody6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,62118
ポリマ－55,3552
非ポリマー5,26716
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.830, 150.930, 68.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.420, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-416-

SO4

21B-209-

HOH

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Succinate receptor 1 / G-protein coupled receptor 91


分子量: 39827.676 Da / 分子数: 1 / 変異: K18E, K269N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Sucnr1, Gpr91
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6IYF9
#2: 抗体 Nanobody6


分子量: 15527.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
非ポリマー , 5種, 258分子

#3: 化合物 ChemComp-KAZ / 2-[2-[[3-[4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]phenyl]phenyl]carbonylamino]phenyl]ethanoic acid


分子量: 443.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29N3O3
#4: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.5 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 50 mM ADA, pH 7.0, 28% PEG MME 550, 0.55 M (NH4)2SO4, 100-400 microM compound 3, 1-4 % (v/v) DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→75.47 Å / Num. obs: 88565 / % possible obs: 67 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 34.46 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.213 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.232 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 575822 / Scaling rejects: 8
反射 シェル解像度: 1.43→1.51 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 8.756 / Num. measured all: 5597 / Num. unique obs: 1652 / Rpim(I) all: 5.465 / Rrim(I) all: 10.378 / Net I/σ(I) obs: 0.2 / % possible all: 8.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
XDSBUILT 20190315データ削減
autoPROC20190301データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IBB

6ibb


解像度: 1.94→75.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.144 / SU Rfree Blow DPI: 0.128 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.129
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 1980 4.88 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.178 40585 76.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 154.62 Å2 / Biso mean: 45.42 Å2 / Biso min: 21.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1815 Å20 Å23.5761 Å2
2---1.6138 Å20 Å2
3---1.4323 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→75.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3281 0 286 242 3809
Biso mean--69.52 61.94 -
残基数----414
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1309SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes572HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3638HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion449SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4359SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3638HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4869HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.97
LS精密化 シェル解像度: 1.94→2.03 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 39 4.8 %
Rwork0.205 773 -
all0.2058 812 -
obs--11.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6328-0.2005-0.1682.35970.35120.7668-0.00280.06170.044-0.26740.0041-0.0691-0.02660.0444-0.0013-0.0367-0.00320.0481-0.04620.0033-0.0452-3.197423.230918.53
22.44040.1628-0.39265.83521.71612.232-0.02090.05480.0519-0.43020.0823-0.2496-0.14510.0769-0.0613-0.0481-0.05920.0561-0.15270.0341-0.02482.606963.833525.0224
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A7 - 305
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B9 - 137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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