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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rn1 | ||||||
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タイトル | Structure of N-terminal truncated Plasmodium falciparum IMP-nucleotidase | ||||||
要素 | IMP-specific 5'-nucleotidase, putative | ||||||
キーワード | HYDROLASE / nucleotidase / truncation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nicotinamide riboside biosynthetic process / nicotinic acid riboside biosynthetic process / inosine salvage / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity / IMP catabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Carrique, L. / Ballut, L. / Violot, S. / Aghajari, N. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structure and catalytic regulation of Plasmodium falciparum IMP specific nucleotidase. 著者: Carrique, L. / Ballut, L. / Shukla, A. / Varma, N. / Ravi, R. / Violot, S. / Srinivasan, B. / Ganeshappa, U.T. / Kulkarni, S. / Balaram, H. / Aghajari, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rn1.cif.gz | 146.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rn1.ent.gz | 109.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rn1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6rn1_validation.pdf.gz | 433.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6rn1_full_validation.pdf.gz | 438.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6rn1_validation.xml.gz | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6rn1_validation.cif.gz | 34.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/6rn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/6rn1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44947.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: First 59 residues are truncated 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1206100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A144A134, 5'-nucleotidase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.06M citric acid, 0.04M Bis-tris propane pH 4.1 and 16% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.967 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.967 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→29.58 Å / Num. obs: 18036 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 27 % / Biso Wilson estimate: 88.36 Å2 / CC1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 20.8 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.3 Å / Num. unique obs: 4376 / CC1/2: 0.96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6RMD 解像度: 3→29.578 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.57 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→29.578 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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