PDB-6rmr: Crystal structure of Escherichia coli periplasmic glucose-1-phosp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rmr

タイトル

Crystal structure of Escherichia coli periplasmic glucose-1-phosphatase H18D mutant

要素

Glucose-1-phosphatase

キーワード

HYDROLASE / H18D Mutant of AGP

機能・相同性

機能・相同性情報

glucose-1-phosphatase / glucose-1-phosphatase activity / 3-phytase activity / sugar-phosphatase activity / glucose catabolic process / dephosphorylation / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5000470685 Å

データ登録者

Pfeiffer, P. / Oberdorfer, G. / Nidetzky, B.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli periplasmic glucose-1-phosphatase H18D mutant
著者: Pfeiffer, P. / Oberdorfer, G. / Nidetzky, B.

履歴

登録	2019年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rmr.cif.gz	176.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rmr.ent.gz	125.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rmr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rmr_validation.pdf.gz	473.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rmr_full_validation.pdf.gz	480.8 KB	表示
XML形式データ	6rmr_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	6rmr_validation.cif.gz	39.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/6rmr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/6rmr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nt4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ntl-d 6pp4-2 6nh4-2 6cif-2 6pou-2 1m9r-d 3n6g-d 6poz-1 5fj3-d 6nh4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (6) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucose-1-phosphatase

B: Glucose-1-phosphatase

ヘテロ分子

88.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.035, 101.651, 114.929
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	LEU	LEU	(chain 'A' and ((resid 3 and (name N or name...	A	A	3 - 24	3 - 24
1	2	VAL	VAL	THR	THR	(chain 'A' and ((resid 3 and (name N or name...	A	A	30 - 278	30 - 278
1	3	ALA	ALA	ALA	ALA	(chain 'A' and ((resid 3 and (name N or name...	A	A	280 - 389	280 - 389
2	2	VAL	VAL	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 3 through 4 or (resid 5...	B	B	3 - 24	3 - 24
2	4	VAL	VAL	THR	THR	(chain 'B' and (resid 3 through 4 or (resid 5...	B	B	30 - 278	30 - 278
2	5	ALA	ALA	ALA	ALA	(chain 'B' and (resid 3 through 4 or (resid 5...	B	B	280 - 389	280 - 389

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glucose-1-phosphatase / G1Pase 分子量: 43581.125 Da / 分子数: 2 / 変異: H18D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: agp, b1002, JW0987 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): BW25113 delta agp::kanR / 参照: UniProt: P19926, glucose-1-phosphatase

#1: タンパク質

Glucose-1-phosphatase / G1Pase

分子量: 43581.125 Da / 分子数: 2 / 変異: H18D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: agp, b1002, JW0987 / 発現宿主:

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): BW25113 delta agp::kanR / 参照: UniProt: P19926, glucose-1-phosphatase

-
非ポリマー , 5種, 116分子

#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.1 M CHES, pH 9.5, 20 % w/v PEG 800 13 mg/mL AGP in 10 mM NaAc p 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→46.483 Å / Num. obs: 26470 / % possible obs: 99.19 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 52.679777613 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1393 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.1516 / Net I/σ(I): 10.39
反射シェル	解像度: 2.5→2.589 Å / R_merge(I) obs: 1.257 / Num. unique obs: 2595 / CC_1/2: 0.637 / R_pim(I) all: 0.5173 / R_rim(I) all: 1.361

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NT4

1nt4

解像度: 2.5000470685→42.7684428527 Å / SU ML: 0.404936147249 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36976989319 / 位相誤差: 28.6771145559

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266148026364	4964	9.99637520641 %
R_work	0.224728633087	-	-
obs	0.228870454809	26437	99.0367164596 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.5966046425 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5000470685→42.7684428527 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5737	0	80	96	5913

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00412316410853	5939
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.617386999412	8093
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0397287016134	895
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00412055087401	1082
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.8723408641	2073

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5285	0.338407860403	160	0.338020413618	1502	X-RAY DIFFRACTION	99.4019138756
2.5285-2.5582	0.364976285018	167	0.334803587923	1532	X-RAY DIFFRACTION	98.3217592593
2.5582-2.5894	0.37197514014	163	0.348669608191	1449	X-RAY DIFFRACTION	99.4447871684
2.5894-2.6222	0.338502815092	164	0.320775062428	1473	X-RAY DIFFRACTION	98.6738999397
2.6222-2.6567	0.311642020908	165	0.293881980648	1510	X-RAY DIFFRACTION	99.2298578199
2.6567-2.693	0.336442047926	161	0.301020443783	1473	X-RAY DIFFRACTION	98.6714975845
2.693-2.7315	0.360968837763	168	0.295807619165	1526	X-RAY DIFFRACTION	99.4715208456
2.7315-2.7723	0.279498926618	168	0.282148197279	1481	X-RAY DIFFRACTION	98.8016776513
2.7723-2.8156	0.333394561191	167	0.286494525695	1476	X-RAY DIFFRACTION	98.3243566727
2.8156-2.8617	0.31577849758	164	0.286792429603	1466	X-RAY DIFFRACTION	98.6682808717
2.8617-2.9111	0.304000795414	171	0.265685189812	1498	X-RAY DIFFRACTION	98.8744075829
2.9111-2.964	0.340623087137	169	0.265002339384	1490	X-RAY DIFFRACTION	99.3413173653
2.964-3.021	0.313879021507	167	0.268323955128	1486	X-RAY DIFFRACTION	99.1601679664
3.021-3.0826	0.293381559411	170	0.26771688737	1488	X-RAY DIFFRACTION	99.1626794258
3.0826-3.1497	0.336059599673	161	0.262626360328	1492	X-RAY DIFFRACTION	99.8188405797
3.1497-3.2229	0.287004606286	157	0.234869453722	1483	X-RAY DIFFRACTION	99.0936555891
3.2229-3.3035	0.287027520789	168	0.236482311134	1478	X-RAY DIFFRACTION	99.3961352657
3.3035-3.3927	0.274483212961	169	0.219921807443	1558	X-RAY DIFFRACTION	99.4242947611
3.3927-3.4925	0.297148403152	162	0.215770145417	1450	X-RAY DIFFRACTION	98.5932721713
3.4925-3.6052	0.208133363189	167	0.221828268573	1495	X-RAY DIFFRACTION	99.580587178
3.6052-3.734	0.249847573025	166	0.207555615969	1509	X-RAY DIFFRACTION	99.4655581948
3.734-3.8834	0.242721848483	163	0.212214542214	1476	X-RAY DIFFRACTION	99.0931076179
3.8834-4.06	0.245014285031	172	0.199642679232	1485	X-RAY DIFFRACTION	99.2215568862
4.06-4.2739	0.230058402466	172	0.181942129861	1520	X-RAY DIFFRACTION	99.6466431095
4.2739-4.5414	0.207511318263	162	0.180414894668	1477	X-RAY DIFFRACTION	98.4384384384
4.5414-4.8916	0.254541669888	164	0.189903511303	1470	X-RAY DIFFRACTION	98.1381381381
4.8916-5.383	0.250845400068	165	0.205262506238	1493	X-RAY DIFFRACTION	99.6993385448
5.383-6.1599	0.293667247703	167	0.224181531882	1491	X-RAY DIFFRACTION	99.5198079232
6.1599-7.7533	0.25461492148	162	0.22473257613	1493	X-RAY DIFFRACTION	98.6293206198
7.7533-42.7747	0.218729296717	163	0.189576526857	1474	X-RAY DIFFRACTION	98.0239520958

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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