[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6rmr: Crystal structure of Escherichia coli periplasmic glucose-1-phosp... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6rmr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Escherichia coli periplasmic glucose-1-phosphatase H18D mutant | ||||||
![]() | Glucose-1-phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / H18D Mutant of AGP | ||||||
Function / homology | ![]() glucose-1-phosphatase / glucose-1-phosphatase activity / 3-phytase activity / sugar-phosphatase activity / glucose catabolic process / dephosphorylation / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pfeiffer, P. / Oberdorfer, G. / Nidetzky, B. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of Escherichia coli periplasmic glucose-1-phosphatase H18D mutant Authors: Pfeiffer, P. / Oberdorfer, G. / Nidetzky, B. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 176.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 125.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 473.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 480.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 39.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1nt4S S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1
|
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 43581.125 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: H18D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: agp, b1002, JW0987 / Production host: ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 5 types, 116 molecules ![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-1PE / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-ZN / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.21 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.5 Details: 0.1 M CHES, pH 9.5, 20 % w/v PEG 800 13 mg/mL AGP in 10 mM NaAc p 4.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 2, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→46.483 Å / Num. obs: 26470 / % possible obs: 99.19 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 52.679777613 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1393 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.1516 / Net I/σ(I): 10.39 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.589 Å / Rmerge(I) obs: 1.257 / Num. unique obs: 2595 / CC1/2: 0.637 / Rpim(I) all: 0.5173 / Rrim(I) all: 1.361 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1NT4 Resolution: 2.5000470685→42.7684428527 Å / SU ML: 0.404936147249 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36976989319 / Phase error: 28.6771145559
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.5966046425 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5000470685→42.7684428527 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|