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万見
- PDB-6rmn: DNA mismatch repair proteins MLH1 and MLH3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rmn
タイトルDNA mismatch repair proteins MLH1 and MLH3
要素
  • DNA mismatch repair protein MLH1
  • DNA mismatch repair protein MLH3
キーワードRECOMBINATION / RESOLVASE / MMR / DNA REPAIR / MEIOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic heteroduplex formation / MutLbeta complex / MutLgamma complex / MutLalpha complex / mismatch repair complex / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / mismatched DNA binding / reciprocal meiotic recombination / ATP-dependent DNA damage sensor activity ...meiotic heteroduplex formation / MutLbeta complex / MutLgamma complex / MutLalpha complex / mismatch repair complex / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / mismatched DNA binding / reciprocal meiotic recombination / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair protein Mlh1, C-terminal / DNA mismatch repair protein Mlh1 C-terminus / MutL C terminal dimerisation domain / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site ...DNA mismatch repair protein Mlh1, C-terminal / DNA mismatch repair protein Mlh1 C-terminus / MutL C terminal dimerisation domain / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / DNA mismatch repair proteins mutL / hexB / PMS1 signature. / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA mismatch repair protein MLH1 / DNA mismatch repair protein MLH3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dai, J. / Chervy, P. / Legrand, P. / Ropars, V. / Charbonnier, J.B.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-Resolve フランス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Molecular basis of the dual role of the Mlh1-Mlh3 endonuclease in MMR and in meiotic crossover formation.
著者: Dai, J. / Sanchez, A. / Adam, C. / Ranjha, L. / Reginato, G. / Chervy, P. / Tellier-Lebegue, C. / Andreani, J. / Guerois, R. / Ropars, V. / Le Du, M.H. / Maloisel, L. / Martini, E. / Legrand, ...著者: Dai, J. / Sanchez, A. / Adam, C. / Ranjha, L. / Reginato, G. / Chervy, P. / Tellier-Lebegue, C. / Andreani, J. / Guerois, R. / Ropars, V. / Le Du, M.H. / Maloisel, L. / Martini, E. / Legrand, P. / Thureau, A. / Cejka, P. / Borde, V. / Charbonnier, J.B.
履歴
登録2019年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / refine / reflns_shell
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA mismatch repair protein MLH1
B: DNA mismatch repair protein MLH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5334
ポリマ－58,4022
非ポリマー1312
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, Complex coeluted by ion exchange chromatography this study Affinity Capture Western Copurification Reconstituted Complex
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area26540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.260, 104.360, 135.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 DNA mismatch repair protein MLH1 / MutL protein homolog 1 / Post meiotic segregation protein 2


分子量: 30764.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C / 遺伝子: MLH1, PMS2, YMR167W, YM8520.16 / Variant: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38920
#2: タンパク質 DNA mismatch repair protein MLH3 / MutL protein homolog 3


分子量: 27638.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The six X letters correspond to a proposed loop not assigned in sequence (unk in pdb for unknown)
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C / 遺伝子: MLH3, YPL164C, P2550 / Variant: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12083
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% PEG4000, 200 mM imidazole-malate, pH6 and 10 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 163 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.4 Å / Num. obs: 33362 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 51.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 11.3 % / Num. unique obs: 2168 / Rpim(I) all: 0.42 / % possible all: 87.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
STARANISO1.10.9データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E4W

4e4w


解像度: 2.2→38.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU R Cruickshank DPI: 0.381 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.382 / SU Rfree Blow DPI: 0.234 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.236
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1180 5.14 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.199 22942 68.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 69.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.61 Å20 Å20 Å2
2---2.347 Å20 Å2
3----0.263 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3891 0 32 132 4055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093993HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.035386HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1436SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes661HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3993HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.71
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion520SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4269SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3599 -6.1 %
Rwork0.3133 431 -
all0.3161 459 -
obs--8.89 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.7898 Å / Origin y: 16.2721 Å / Origin z: 20.6711 Å
111213212223313233
T-0.0614 Å20.019 Å2-0.0273 Å2--0.0072 Å2-0.009 Å2--0.0709 Å2
L0.6381 °2-0.2427 °2-1.5016 °2-0.743 °20.1671 °2--6.135 °2
S-0.07 Å °-0.1365 Å °0.1321 Å °0.042 Å °0.0591 Å °0.0443 Å °-0.0959 Å °0.4092 Å °0.0109 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { *|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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