PDB-6rmd: Structure of ATP bound Plasmodium falciparum IMP-nucleotidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rmd

タイトル

Structure of ATP bound Plasmodium falciparum IMP-nucleotidase

要素

(IMP-specific 5'-nucleotidase, putative) x 2

キーワード

HYDROLASE / nucleotidase / activator / complex / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinamide riboside biosynthetic process / nicotinic acid riboside biosynthetic process / inosine salvage / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / IMP catabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Carrique, L. / Ballut, L. / Violot, S. / Aghajari, N.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure and catalytic regulation of Plasmodium falciparum IMP specific nucleotidase.
著者: Carrique, L. / Ballut, L. / Shukla, A. / Varma, N. / Ravi, R. / Violot, S. / Srinivasan, B. / Ganeshappa, U.T. / Kulkarni, S. / Balaram, H. / Aghajari, N.

履歴

登録	2019年5月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rmd.cif.gz	335.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rmd.ent.gz	271.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rmd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/6rmd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/6rmd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rmeC 6rmoC 6rmwC 6rn1C 6rnhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rnh-1 6rmo-1 6rmo-2 6rmo-3 6tnp-d 6o3b-d 6rmo-4 6rn1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative

D: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative

ヘテロ分子

95 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative

D: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative

ヘテロ分子

A: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative

D: IMP-specific 5'-nucleotidase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, SAXS
190 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	210.690, 210.690, 106.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	IMP-specific 5'-nucleotidase, putative 分子量: 50895.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1206100 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A144A134, 5'-nucleotidase
#2: タンパク質	IMP-specific 5'-nucleotidase, putative 分子量: 43400.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1206100 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A144A134, 5'-nucleotidase
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.43 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium malonate pH 5.0, 12% (w/v) PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.967 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.967 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→47.43 Å / Num. obs: 48313 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.6 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.61 Å / Num. unique obs: 5874 / CC_1/2: 0.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→47.4 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.1

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2454	1730	5 %
R_work	0.2002	-	-
obs	0.2025	34611	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6263	0	43	9	6315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6452
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.724	8759
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.53	874
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	990
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1115

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.88	0.383	141	0.3222	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.98	0.3437	141	0.2847	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.08	0.3272	142	0.2627	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.21	0.3217	142	0.253	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.35	0.3306	142	0.2548	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.53	0.2216	143	0.2101	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.75	0.2594	143	0.188	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-4.04	0.2425	143	0.1844	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.44	0.2065	145	0.1582	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-5.09	0.185	145	0.1523	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
5.09-6.4	0.2637	148	0.2178	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
6.41-47.43	0.2332	155	0.2007	2957	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6573	0.8909	-0.1317	1.3948	0.6353	1.3043	-0.0665	0.2433	0.5693	-0.0836	-0.0947	-0.1065	0.2364	-0.0644	0.1323	1.1282	0.046	-0.0178	1.1236	0.002	1.0688	74.0963	-30.0956	-0.8757
2	0.5751	-0.3677	-0.1545	5.1443	-0.8214	2.0415	0.0055	0.0103	0.1405	-0.4276	-0.2248	0.1895	0.1661	0.0758	0.1961	0.4269	0.017	-0.0479	0.5675	0.0908	0.4793	66.1531	-36.4197	-15.597
3	1.0705	0.0746	0.5628	2.6273	0.0319	3.869	0.0177	0.1366	0.25	-0.3775	-0.1048	0.3146	-0.0182	0.0681	0.0775	0.5157	0.0334	0.0017	0.3601	0.132	0.7092	65.1311	-10.6668	-6.497
4	1.9967	0.1724	0.4451	3.1828	-0.7361	2.5859	-0.0456	0.1752	0.1802	-0.5713	-0.1935	0.1759	0.0231	0.3249	0.1958	0.7693	0.0628	-0.0601	0.6196	0.1124	0.6964	66.5347	-30.0127	-19.0682
5	2.5501	-0.603	0.1448	2.5113	-0.5796	2.3337	0.4475	0.2458	-0.0156	-0.6333	-0.4776	-0.1891	1.2328	0.9454	0.0415	0.9507	0.3385	0.1811	0.845	0.1877	0.5134	71.2484	-62.8826	-1.2948
6	4.3873	-1.4111	1.3409	2.9439	-1.2549	3.1206	0.8183	-0.2928	-0.8036	-0.4276	-0.2598	-0.1148	0.7896	-0.2159	-0.5344	0.8594	0.0592	-0.1458	0.5535	0.1587	0.6988	75.7719	-82.008	22.755
7	0.4275	0.1838	0.7551	3.4948	0.5933	1.358	0.3627	-0.1224	-0.1861	-0.0903	-0.2608	-0.4934	0.1295	-0.0575	-0.128	0.5863	0.1498	0.0167	0.7973	0.3431	0.8452	86.4389	-65.311	31.3717
8	5.1816	-1.0867	-1.7447	4.1826	0.1945	4.4666	0.5403	-0.452	-0.0574	-0.3869	-0.6778	0.2485	-0.2038	0.2526	0.1196	0.8436	0.2151	0.0071	0.7437	0.1323	0.4643	73.0935	-72.319	14.0761

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 60 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 61 through 211 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 212 through 382 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 383 through 444 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 59 through 144 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 145 through 265 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 266 through 397 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 398 through 430 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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