PDB-6rli: The structure of the self-assembled 3fPizza6-SH crystal

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rli

タイトル

The structure of the self-assembled 3fPizza6-SH crystal

要素

3fPizza6-SH

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Pizza / beta-propeller / de novo / artificial protein

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Noguchi, H. / Voet, A.R.D.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Self-assembled Pizza proteins
著者: Noguchi, H. / Voet, A.R.D.

履歴

登録	2019年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rli.cif.gz	112.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rli.ent.gz	85.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rli.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rli_validation.pdf.gz	418.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rli_full_validation.pdf.gz	421.8 KB	表示
XML形式データ	6rli_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	6rli_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/6rli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/6rli	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rlhC 3ww9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qsf-1 6reh-1 6reg-1 6f0q-2 6f0t-2 6rlh-d 6rel-1 5f53-1 3wwa-d 6i3b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3fPizza6-SH

25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.029, 42.114, 42.194
Angle α, β, γ (deg.)	100.57, 100.41, 100.07
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	3fPizza6-SH 分子量: 25872.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.84 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20mM HEPES pH8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→40.46 Å / Num. obs: 13784 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 9.88 Å² / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 4510 / R_pim(I) all: 0.175 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ww9

3ww9

解像度: 1.15→40.46 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 22.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216	4606	4.85 %
R_work	0.2007	-	-
obs	0.2015	94873	97.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→40.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1784	0	0	433	2217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1864
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.778	2578
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.192	623
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	329
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	342

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.15-1.1631	0.2158	157	0.1884	2790	X-RAY DIFFRACTION	92
1.1631-1.1768	0.2202	123	0.1878	3017	X-RAY DIFFRACTION	96
1.1768-1.1911	0.2508	131	0.1841	2951	X-RAY DIFFRACTION	96
1.1911-1.2062	0.1734	198	0.1668	2950	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2062-1.2221	0.1742	147	0.1631	2971	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2221-1.2388	0.2131	132	0.1718	3047	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2388-1.2565	0.2318	200	0.1741	2869	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2565-1.2753	0.2219	199	0.1817	3000	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2753-1.2952	0.2186	181	0.1787	2949	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2952-1.3164	0.1824	129	0.1803	3074	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3164-1.3391	0.2231	148	0.176	2924	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3391-1.3635	0.2386	124	0.1819	3073	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3635-1.3897	0.1907	124	0.1878	3014	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3897-1.4181	0.2548	109	0.1909	3074	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4181-1.4489	0.2117	133	0.182	3047	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4489-1.4826	0.1764	126	0.1838	3003	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4826-1.5197	0.1738	106	0.1878	3035	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5197-1.5608	0.1849	171	0.1886	3030	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5608-1.6067	0.2197	86	0.1904	3076	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6067-1.6586	0.2278	161	0.1943	3005	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6586-1.7179	0.2151	215	0.2033	2954	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7179-1.7866	0.2337	164	0.2196	3041	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7866-1.868	0.2649	159	0.2183	3048	X-RAY DIFFRACTION	99
1.868-1.9664	0.2203	152	0.2156	3063	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9664-2.0896	0.2037	137	0.2033	3079	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0896-2.251	0.2065	202	0.2039	2992	X-RAY DIFFRACTION	99
2.251-2.4775	0.2136	165	0.2154	3090	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4775-2.8359	0.2437	128	0.2225	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8359-3.5726	0.2194	219	0.2104	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5726-40.4871	0.209	180	0.1931	3039	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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