PDB-6i3b: Crystal structure of cPizza6-AYW, a circularly permuted designer ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i3b

タイトル

Crystal structure of cPizza6-AYW, a circularly permuted designer protein

要素

cPizza6-AYW

キーワード

DE NOVO PROTEIN / circularly permuted designer protein / artificial protein / beta-propeller / Pizza

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1 Å

データ登録者

Mylemans, B. / Noguchi, H. / Deridder, E. / Voet, A.R.D.

資金援助

ベルギー, 3件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Influence of circular permutations on the structure and stability of a six-fold circular symmetric designer protein.
著者: Mylemans, B. / Noguchi, H. / Deridder, E. / Lescrinier, E. / Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D.

履歴

登録	2018年11月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i3b.cif.gz	208.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i3b.ent.gz	166.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i3b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6i3b_validation.pdf.gz	430 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i3b_full_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示
XML形式データ	6i3b_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	6i3b_validation.cif.gz	42.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/6i3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/6i3b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i37C 6i38C 6i39C 6i3aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f0q-2 6rel-1 3wwa-d 6f0q-1 6ren-1 6f0s-d 6rek-d 5f53-1 6qsf-2 6reg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cPizza6-AYW

B: cPizza6-AYW

50.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cPizza6-AYW

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
25.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: cPizza6-AYW

登録者が定義した集合体
25.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.051, 70.442, 58.144
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.51, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	cPizza6-AYW 分子量: 25444.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 738 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.93 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.25M Sodium chloride 0.1M HEPES pH7 25%(w/v) PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.75 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.75 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→46.26 Å / Num. obs: 200513 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1→1.02 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 1.208 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 9930 / CC_1/2: 0.704 / R_pim(I) all: 0.512 / R_rim(I) all: 1.314 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1→39.675 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.52

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1748	9891	4.94 %
R_work	0.153	-	-
obs	0.1541	200404	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→39.675 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3588	0	0	738	4326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3940
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.098	5497
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.394	2272
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	695
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	734

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1-1.0114	0.297	340	0.2846	6340	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0114-1.0233	0.2974	327	0.2588	6365	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0233-1.0357	0.2294	367	0.2316	6251	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0357-1.0489	0.2351	337	0.2175	6360	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0489-1.0627	0.2272	331	0.2061	6316	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0627-1.0772	0.231	340	0.1956	6309	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0772-1.0926	0.2074	324	0.1799	6333	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0926-1.1089	0.2096	320	0.1625	6307	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1089-1.1262	0.1724	318	0.155	6408	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1262-1.1447	0.181	341	0.1462	6308	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1447-1.1645	0.1726	338	0.1457	6310	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1645-1.1856	0.1817	324	0.1471	6348	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1856-1.2084	0.1568	342	0.1422	6367	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2084-1.2331	0.1737	351	0.138	6315	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2331-1.2599	0.1751	297	0.1368	6326	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2599-1.2892	0.1672	328	0.1388	6310	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2892-1.3215	0.1682	303	0.1355	6412	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3215-1.3572	0.1566	317	0.1305	6374	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3572-1.3971	0.171	330	0.1318	6312	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3971-1.4422	0.1581	346	0.1291	6339	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4422-1.4938	0.1787	306	0.1269	6353	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4938-1.5536	0.1682	341	0.1298	6328	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5536-1.6243	0.1737	329	0.13	6414	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6243-1.7099	0.1717	326	0.1402	6324	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7099-1.8171	0.17	351	0.1521	6351	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8171-1.9574	0.1517	330	0.1433	6379	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9574-2.1543	0.1519	306	0.1393	6388	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1543-2.466	0.1711	326	0.1582	6386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.466-3.1068	0.1762	326	0.1665	6403	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1068-39.7067	0.1539	329	0.1456	6477	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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