PDB-6rlh: The structure of 3fPizza6-SH obtained via vapour diffusion

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rlh

タイトル

The structure of 3fPizza6-SH obtained via vapour diffusion

要素

3fPizza6-SH

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Pizza / beta-propeller / de novo / artificial protein

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Noguchi, H. / Voet, A.R.D.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Self-assembled Pizza proteins
著者: Noguchi, H. / Voet, A.R.D.

履歴

登録	2019年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rlh.cif.gz	63.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rlh.ent.gz	45 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rlh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6rlh_validation.pdf.gz	417.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rlh_full_validation.pdf.gz	420.3 KB	表示
XML形式データ	6rlh_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	6rlh_validation.cif.gz	20.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/6rlh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/6rlh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6rliC 3ww9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ren-1 6qsf-2 6rei-2 6rei-1 3wwa-d 3wwb-d 6f0q-2 6f0t-2 6i3b-1 6f0q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3fPizza6-SH

25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.954, 53.264, 43.452
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.39, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3fPizza6-SH 分子量: 25872.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.89 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M MES pH6.5, 30%(w/v) PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→23.9 Å / Num. obs: 29578 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 14.65 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1393 / CC_1/2: 0.795 / R_pim(I) all: 0.526 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ww9

3ww9

解像度: 1.5→23.9 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2149	1347	4.57 %
R_work	0.1791	-	-
obs	0.1807	29483	98.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→23.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1769	0	0	296	2065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1818
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.831	2507
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.597	607
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	318
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	331

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5536	0.3582	141	0.3001	2742	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5536-1.6158	0.2777	123	0.2285	2791	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6158-1.6893	0.2818	125	0.2195	2797	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6893-1.7784	0.2656	142	0.2144	2814	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7784-1.8897	0.2398	130	0.1979	2842	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8897-2.0356	0.2147	118	0.1913	2787	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0356-2.2403	0.2201	150	0.1836	2800	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2403-2.5641	0.2122	153	0.1861	2815	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5641-3.2293	0.2317	138	0.176	2823	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2293-23.9076	0.165	127	0.1441	2925	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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