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万見
- PDB-6rkz: Recombinant Pseudomonas stutzeri nitrous oxide reductase, form II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rkz
タイトルRecombinant Pseudomonas stutzeri nitrous oxide reductase, form II
要素Nitrous-oxide reductase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / denitrification / cofactor biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrous-oxide reductase / nitrous-oxide reductase activity / copper ion import / denitrification pathway / cytochrome-c oxidase activity / periplasmic space / copper ion binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nitrous-oxide reductase / Nitrous-oxide reductase, C-terminal / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 1 / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase propeller repeat / Nitrous oxide reductase propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase, N-terminal / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal ...Nitrous-oxide reductase / Nitrous-oxide reductase, C-terminal / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 1 / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase propeller repeat / Nitrous oxide reductase propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase, N-terminal / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DINUCLEAR COPPER ION / (MU-4-SULFIDO)-TETRA-NUCLEAR COPPER ION / FORMIC ACID / : / Nitrous-oxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.601 Å
データ登録者Zhang, L. / Wuest, A. / Prasser, B. / Mueller, C. / Einsle, O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Research Council310656 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Functional assembly of nitrous oxide reductase provides insights into copper site maturation.
著者: Zhang, L. / Wust, A. / Prasser, B. / Muller, C. / Einsle, O.
履歴
登録2019年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrous-oxide reductase
B: Nitrous-oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,03326
ポリマ－143,9172
非ポリマー2,11624
水16,592921
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15040 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area35880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.887, 76.789, 108.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nitrous-oxide reductase / N(2)OR / N2O reductase


分子量: 71958.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
遺伝子: nosZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19573, nitrous-oxide reductase

-
非ポリマー , 9種, 945分子

#2: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-CUZ / (MU-4-SULFIDO)-TETRA-NUCLEAR COPPER ION


分子量: 286.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M bis-tris propane buffer at pH 8.5, 0.1 M sodium formate, 0.1 M sodium chloride, and 25% (w/v) of a medium molecular weight (MMW) polyethylene glycol mixture (PEG 2K, 3350, 4K and 5K MME)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.36999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.36999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→76.79 Å / Num. obs: 190846 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.6→1.79 Å / Num. unique obs: 97861

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SBQ

3sbq


解像度: 1.601→59.696 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 25.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1911 9558 5.01 %
Rwork0.1518 --
obs0.1539 190846 65.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.601→59.696 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9221 0 88 921 10230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019544
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09712916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2675692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061686
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.601-1.61920.375440.3511103X-RAY DIFFRACTION1
1.6192-1.63830.46350.3136306X-RAY DIFFRACTION3
1.6383-1.65830.381210.3572605X-RAY DIFFRACTION6
1.6583-1.67930.3412430.3241777X-RAY DIFFRACTION8
1.6793-1.70130.2953590.32651022X-RAY DIFFRACTION11
1.7013-1.72470.3188660.31131292X-RAY DIFFRACTION14
1.7247-1.74930.3683730.30671662X-RAY DIFFRACTION18
1.7493-1.77540.36391260.30642026X-RAY DIFFRACTION22
1.7754-1.80320.30141410.28222728X-RAY DIFFRACTION30
1.8032-1.83270.32921660.26523454X-RAY DIFFRACTION37
1.8327-1.86430.31851940.2634148X-RAY DIFFRACTION44
1.8643-1.89820.28032890.25075353X-RAY DIFFRACTION58
1.8982-1.93470.28063700.24616917X-RAY DIFFRACTION74
1.9347-1.97420.284550.23848089X-RAY DIFFRACTION87
1.9742-2.01720.26995270.22818828X-RAY DIFFRACTION95
2.0172-2.06410.25264370.21558881X-RAY DIFFRACTION96
2.0641-2.11570.21874380.20858882X-RAY DIFFRACTION96
2.1157-2.17290.22024520.19548896X-RAY DIFFRACTION96
2.1729-2.23690.20514660.17588970X-RAY DIFFRACTION96
2.2369-2.30910.21654180.17458994X-RAY DIFFRACTION96
2.3091-2.39160.21874770.16928972X-RAY DIFFRACTION96
2.3916-2.48730.2314260.16518325X-RAY DIFFRACTION90
2.4873-2.60060.19865150.15988992X-RAY DIFFRACTION97
2.6006-2.73770.21924950.16279123X-RAY DIFFRACTION98
2.7377-2.90920.20684540.15329110X-RAY DIFFRACTION98
2.9092-3.13380.18715010.14089128X-RAY DIFFRACTION98
3.1338-3.44910.18354620.13249038X-RAY DIFFRACTION97
3.4491-3.94810.14845190.11068914X-RAY DIFFRACTION97
3.9481-4.97390.12734510.09058532X-RAY DIFFRACTION92
4.9739-59.73720.15245080.1259221X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.1471 Å / Origin y: 9.9333 Å / Origin z: 26.7473 Å
111213212223313233
T0.1268 Å2-0.0183 Å2-0.0192 Å2-0.1589 Å20.0083 Å2--0.102 Å2
L0.5672 °20.0718 °2-0.173 °2-0.8373 °20.099 °2--0.6242 °2
S-0.0254 Å °0.0554 Å °-0.018 Å °-0.1332 Å °0.0892 Å °0.0077 Å °-0.1061 Å °-0.0828 Å °-0.0491 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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