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万見
- PDB-5i5m: Shewanella denitrificans nitrous oxide reductase, Ca2+-reconstitu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i5m
タイトルShewanella denitrificans nitrous oxide reductase, Ca2+-reconstituted form
要素Nitrous-oxide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / nitrogen cycle nitrous oxide reductase beta-propeller apoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrous-oxide reductase / nitrous-oxide reductase activity / denitrification pathway / cytochrome-c oxidase activity / periplasmic space / copper ion binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nitrous-oxide reductase / Nitrous-oxide reductase, C-terminal / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 1 / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase propeller repeat / Nitrous oxide reductase propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase, N-terminal / : / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. ...Nitrous-oxide reductase / Nitrous-oxide reductase, C-terminal / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 1 / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase propeller repeat / Nitrous oxide reductase propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase, N-terminal / : / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Cupredoxin / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / Nitrous-oxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Schneider, L.K. / Einsle, O.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council310656 ドイツ
German Research FoundationRTG 1976 ドイツ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Role of Calcium in Secondary Structure Stabilization during Maturation of Nitrous Oxide Reductase.
著者: Schneider, L.K. / Einsle, O.
履歴
登録2016年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22016年3月23日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02019年10月16日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / reflns_shell / Item: _atom_site.occupancy
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrous-oxide reductase
B: Nitrous-oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,16412
ポリマ－142,3452
非ポリマー81910
水18,9701053
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13620 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area34580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.756, 56.978, 163.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1317-

HOH

21B-1236-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nitrous-oxide reductase / N(2)OR / N2O reductase


分子量: 71172.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella denitrificans (strain OS217 / ATCC BAA-1090 / DSM 15013) (バクテリア)
遺伝子: nosZ, Sden_2219 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12M27, nitrous-oxide reductase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1053 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25 % PEG 3350 0.2 M ammonium sulfate 0.1 M Bis-tris/HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月15日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→47.35 Å / Num. obs: 219234 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5i5i

5i5i


解像度: 1.37→157.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.529 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.055 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18067 11354 4.9 %RANDOM
Rwork0.16331 ---
obs0.16417 219234 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 9.597 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å2-0 Å2-0.33 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.37→157.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9033 0 47 1053 10133
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0199540
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.029045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6171.94612967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.006320885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.75851227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76324.496456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.727151662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7941554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110907
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022209
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5160.8284681
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5150.8284680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8861.2415869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.8861.2425870
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8110.9384858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8050.934851
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.2881.3527047
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.3678.27643793
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.1177.97242704
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.37→1.406 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 794 -
Rwork0.28 15862 -
obs--97.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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