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- PDB-6rk0: Structure of the Flavocytochrome Anf3 from Azotobacter vinelandii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rk0
タイトルStructure of the Flavocytochrome Anf3 from Azotobacter vinelandii
要素Uncharacterized protein
キーワードFLAVOPROTEIN / oxidase
機能・相同性Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / FMN-binding split barrel / nucleotide binding / metal ion binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Flavin-nucleotide-binding protein
機能・相同性情報
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.99 Å
データ登録者Murray, J.W. / Varghese, F. / Kabasakal, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L011468/1 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: A low-potential terminal oxidase associated with the iron-only nitrogenase from the nitrogen-fixing bacteriumAzotobacter vinelandii.
著者: Varghese, F. / Kabasakal, B.V. / Cotton, C.A.R. / Schumacher, J. / Rutherford, A.W. / Fantuzzi, A. / Murray, J.W.
履歴
登録2019年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7948
ポリマ－50,7982
非ポリマー2,9966
水11,025612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13510 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area17310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.970, 89.870, 59.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 25398.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) (窒素固定)
株: DJ / ATCC BAA-1303 / 遺伝子: Avin_49040 / プラスミド: pRSET-A modified / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌) / 参照: UniProt: C1DK98
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25.5% PEG 4000, 170 mM ammonium sulfate, 15% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.99→32.24 Å / Num. obs: 203126 / % possible obs: 76.02 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03536 / Net I/σ(I): 15.65
反射 シェル解像度: 0.99→1.025 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.7275 / Num. unique obs: 5207 / CC1/2: 0.503 / % possible all: 19.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
xia2データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ybn

4ybn


解像度: 0.99→32.24 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.138 10214 5.03 %
Rwork0.1236 --
obs0.1243 203120 76.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.99→32.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3400 0 202 612 4214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3325473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4522192
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012686
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.99-1.00130.3057590.31841262X-RAY DIFFRACTION15
1.0013-1.0130.2509930.29731659X-RAY DIFFRACTION20
1.013-1.02540.27021100.27012019X-RAY DIFFRACTION24
1.0254-1.03840.22341340.23682516X-RAY DIFFRACTION30
1.0384-1.0520.2531610.21572933X-RAY DIFFRACTION35
1.052-1.06650.22031830.19893551X-RAY DIFFRACTION42
1.0665-1.08170.19672290.18264212X-RAY DIFFRACTION50
1.0817-1.09780.18222450.16555114X-RAY DIFFRACTION60
1.0978-1.1150.17193130.15586061X-RAY DIFFRACTION72
1.115-1.13330.15993710.14117009X-RAY DIFFRACTION83
1.1333-1.15280.15563890.13337139X-RAY DIFFRACTION85
1.1528-1.17380.13744000.12477343X-RAY DIFFRACTION87
1.1738-1.19640.12413890.11687510X-RAY DIFFRACTION88
1.1964-1.22080.13624050.11567540X-RAY DIFFRACTION89
1.2208-1.24730.12263870.1127582X-RAY DIFFRACTION90
1.2473-1.27630.14154230.10997717X-RAY DIFFRACTION92
1.2763-1.30830.12854100.10467847X-RAY DIFFRACTION93
1.3083-1.34360.12464440.10167916X-RAY DIFFRACTION93
1.3436-1.38320.12064100.09957940X-RAY DIFFRACTION94
1.3832-1.42780.11614390.10057977X-RAY DIFFRACTION95
1.4278-1.47880.12354750.09997981X-RAY DIFFRACTION95
1.4788-1.53810.11184180.09988051X-RAY DIFFRACTION95
1.5381-1.60810.11964080.10228048X-RAY DIFFRACTION95
1.6081-1.69280.13014420.10368070X-RAY DIFFRACTION95
1.6928-1.79890.12834080.118084X-RAY DIFFRACTION95
1.7989-1.93780.13164170.11537955X-RAY DIFFRACTION94
1.9378-2.13280.1193940.11487984X-RAY DIFFRACTION93
2.1328-2.44130.14194020.12767956X-RAY DIFFRACTION93
2.4413-3.07550.15354230.13817899X-RAY DIFFRACTION93
3.0755-35.01820.14364330.13498031X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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