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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rjx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the N-terminal domain of Lyme disease agent Borrelia burgdorferi major virulence factor BB0323 (native data) | ||||||
要素 | LysM domain protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / lipoprotein / spectrin repeats | ||||||
機能・相同性 | LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / membrane / LysM domain protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Borrelia burgdorferi (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Brangulis, K. / Akopjana, I. / Kazaks, A. / Tars, K. | ||||||
資金援助 | Latvia, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019 タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of the major virulence factor BB0323 from the Lyme disease agent Borrelia burgdorferi. 著者: Brangulis, K. / Akopjana, I. / Kazaks, A. / Tars, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rjx.cif.gz | 45.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rjx.ent.gz | 31.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rjx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6rjx_validation.pdf.gz | 419.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6rjx_full_validation.pdf.gz | 420.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6rjx_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6rjx_validation.cif.gz | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/6rjx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/6rjx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22249.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: the first 4 residues (GAMG) are remnants from the expression tag. 由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (strain ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680) (バクテリア) 株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: BB_0323 / プラスミド: pETm-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O51302 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.24 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M KNO3 18% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→44 Å / Num. obs: 7543 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 729 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6RJW 解像度: 2.35→44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 9.197 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.469 / ESU R Free: 0.268 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 105.81 Å2 / Biso mean: 36.155 Å2 / Biso min: 20.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.35→44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.411 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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