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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rjw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the N-terminal domain of Lyme disease agent Borrelia burgdorferi major virulence factor BB0323 (Se-Met data) | ||||||
![]() | LysM domain protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / lipoprotein / spectrin repeats | ||||||
機能・相同性 | LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / membrane / LysM domain protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brangulis, K. / Akopjana, I. / Kazaks, A. / Tars, K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of the major virulence factor BB0323 from the Lyme disease agent Borrelia burgdorferi. 著者: Brangulis, K. / Akopjana, I. / Kazaks, A. / Tars, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 424.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22436.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The first 4 residues (GAMG) are remnants from the expression tag. 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: BB_0323 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.32 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M KNO3 18% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97972 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→43.9 Å / Num. obs: 4510 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 15.6 / Num. unique obs: 636 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.11 Å2 / Biso mean: 39.171 Å2 / Biso min: 16.72 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.85→43.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.85→2.924 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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