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- PDB-6riz: Crystal structure of gp41-1 intein (C1A, F65W, D107C) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6riz
タイトルCrystal structure of gp41-1 intein (C1A, F65W, D107C)
要素gp41-1 intein
キーワードHYDROLASE / intein / protein-splicing / SPLICING
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Beyer, H.M. / Lountos, G.T. / Mikula, M.K. / Wlodawer, A. / Iwai, H.
資金援助 フィンランド, 3件
組織認可番号国
Academy of Finland137995, 277335 フィンランド
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0025402 フィンランド
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: The Convergence of the Hedgehog/Intein Fold in Different Protein Splicing Mechanisms.
著者: Beyer, H.M. / Virtanen, S.I. / Aranko, A.S. / Mikula, K.M. / Lountos, G.T. / Wlodawer, A. / Ollila, O.H.S. / Iwai, H.
履歴
登録2019年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: gp41-1 intein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4381
ポリマ－14,4381
非ポリマー00
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.220, 90.220, 71.734
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-246-

HOH

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要素

#1: タンパク質 gp41-1 intein


分子量: 14437.579 Da / 分子数: 1 / 変異: C1A, F65W, D107C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / プラスミド: pHBRSF044 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Express
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: bis-tris pH 5.5, ammonium sulfate, polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 15226 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 33.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 741 / CC1/2: 0.554 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.16_3549モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QAZ

6qaz


解像度: 1.85→45.11 Å / SU ML: 0.2118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.1182
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2023 717 4.73 %
Rwork0.1699 14430 -
obs0.1714 15147 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→45.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 0 157 1158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00661045
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91411412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0558162
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.2395897
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.990.25531300.21612829X-RAY DIFFRACTION99.76
1.99-2.190.23421280.17842841X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.510.2081610.1762845X-RAY DIFFRACTION100
2.51-3.160.23361450.18332889X-RAY DIFFRACTION99.97
3.16-45.10.1681530.14943026X-RAY DIFFRACTION98.54
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.906376530311.999840688980.5717239952883.71011790408-2.639323343158.12573972216-0.110373567272-0.0108391290909-0.158518335184-0.1378313033620.0188603172382-0.05507009391030.2293925884210.084675553290.03205872229640.1247871233640.02567809481780.02036978371370.124343188586-0.02004364824750.1850317942876.6173674247118.53854410414.56117554421
22.960246718941.100257650971.594698617362.758375133851.103305443586.261521543930.0178512613807-0.110385937524-0.1606643550830.140704056288-0.08622701922590.1018273281580.0535135328632-0.4086785073790.04699244619590.123313146622-0.005699625943770.02349580076630.1195735026790.01927677435830.165702153259-1.2379869061221.30754437778.50181639607
32.769931392842.851426701493.983908716384.894869775452.982928823527.21569997633-0.2060884816030.007930104300690.100898988481-0.3728581893380.169387594221-0.216920716773-0.4553279328650.362699030114-0.04196736927640.206172975304-0.06248757257880.03207753862450.215488475075-0.03787258575520.17115065395611.524841643328.0699022196-4.70450293331
44.47024835925-1.64786256501-3.86207789142.137932496651.788895919133.440814721850.1369516156250.169494133160.38852587704-0.427441464217-0.222194914071-0.00719708374514-0.712302420643-0.006881337248350.1401834248160.370620931566-0.00996239669956-0.03223303769430.1467409557740.05089599943620.2179703585284.5775274514537.09735140230.262521721381
53.53449166591.03385540812-0.9729257606562.11518765664-0.1025921486221.332295549690.133835908201-0.1214343090520.153839252152-0.1246979413650.0452670745721-0.11154491723-0.7250334420480.528450353251-0.1326984666910.429125203847-0.138035670898-0.002190670372170.1756078749170.00259192915330.22036337973712.490797254737.16836652872.71085456121
63.10788203872-0.171620810541-2.725376697465.32929319001-1.368276560965.08089335805-0.298476491160.526656248368-0.163430845529-0.681730931630.269796808153-0.101825964662-0.3964327623410.1822834483630.05607750808040.31819586688-0.11367810190.0293641165220.23887894827-0.008611850459840.14345336072910.692114893225.8350504382-10.6908024877
71.86337707870.373208072463-2.061723618984.015627230691.479845014485.08944538774-0.1269895829690.1018818172370.142694183533-0.06131204647590.003250143127370.164329723153-0.393335718105-0.2926442137610.09671661768840.1628489654970.00162283223648-0.0272083235810.1016222483850.02597302118790.1295880416462.1880283112227.70151437436.01866703132
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 19 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 41 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 60 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 61 through 72 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 73 through 95 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 96 through 105 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 106 through 125 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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