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- PDB-6own: Crystal structure of Msm DnaB1 intein splicing domain bound with zinc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6own
タイトルCrystal structure of Msm DnaB1 intein splicing domain bound with zinc
要素Replicative DNA helicase
キーワードHYDROLASE / Splicing Intein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / primosome complex / DNA 5'-3' helicase / intein-mediated protein splicing / DNA replication, synthesis of primer / DNA helicase activity / endonuclease activity / DNA helicase / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...: / primosome complex / DNA 5'-3' helicase / intein-mediated protein splicing / DNA replication, synthesis of primer / DNA helicase activity / endonuclease activity / DNA helicase / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / LAGLIDADG-like domain / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / Intein splicing domain ...DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / LAGLIDADG-like domain / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Homing endonuclease / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicative DNA helicase / Replicative DNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Bacot-Davis, V.R. / Belfort, M. / Lennon, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)5R01GM044844-25 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Conditional DnaB Protein Splicing Is Reversibly Inhibited by Zinc in Mycobacteria.
著者: Woods, D. / Vangaveti, S. / Egbanum, I. / Sweeney, A.M. / Li, Z. / Bacot-Davis, V. / LeSassier, D.S. / Stanger, M. / Hardison, G.E. / Li, H. / Belfort, M. / Lennon, C.W.
履歴
登録2019年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
C: Replicative DNA helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9758
ポリマ－43,6483
非ポリマー3275
水4,702261
1
A: Replicative DNA helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7464
ポリマ－14,5491
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Replicative DNA helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6152
ポリマ－14,5491
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Replicative DNA helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6152
ポリマ－14,5491
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.050, 56.914, 64.727
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Replicative DNA helicase


分子量: 14549.445 Da / 分子数: 3 / 断片: MSM DNAB1 INTEIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: dnaB, ERS451418_06678 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0D6J385, UniProt: A0R7F4*PLUS, DNA helicase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MPD, sodium acetate, sodium chloride, and zinc chloride.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→38.479 Å / Num. obs: 31743 / % possible obs: 99.21 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.608 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.0129 Å / Num. unique obs: 5294 / CC1/2: 0.53 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
MOSFLMデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6BS8

6bs8


解像度: 1.95→38.479 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 1573 4.96 %
Rwork0.2089 30170 -
obs0.2106 31743 96.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.73 Å2 / Biso mean: 32.7667 Å2 / Biso min: 10.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→38.479 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2846 0 5 261 3112
Biso mean--62.58 38.36 -
残基数----381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052927
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7634028
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005535
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8191959
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.95-2.01290.35131420.3213272098
2.0129-2.08490.30291390.2805278099
2.0849-2.16840.29951470.2562277999
2.1684-2.2670.29461490.2386278499
2.267-2.38650.2811380.2311277398
2.3865-2.5360.24771450.2237274798
2.536-2.73180.25511440.2159276898
2.7318-3.00660.22421410.2039273897
3.0066-3.44140.20711420.1857274096
3.4414-4.33490.19511450.1715269794
4.3349-38.4790.25681410.1956264491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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