PDB-6rim: Crystal structure of the catalytic domain of the Weissela oryzae ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rim

タイトル

Crystal structure of the catalytic domain of the Weissela oryzae botulinum like toxin

要素

Putative botulinum-like toxin Wo

キーワード

TOXIN / botulinum neurotoxin / zinc endopeptidase

機能・相同性

bontoxilysin / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / metalloendopeptidase activity / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / proteolysis / metal ion binding / Putative botulinum-like toxin Wo

機能・相同性情報

生物種

Weissella oryzae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Kosenina, S. / Masuyer, G. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the catalytic domain of the Weissella oryzae botulinum-like toxin.
著者: Kosenina, S. / Masuyer, G. / Zhang, S. / Dong, M. / Stenmark, P.

履歴

登録	2019年4月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月5日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.2	2019年7月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2019年8月21日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rim.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rim.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rim_validation.pdf.gz	494.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rim_full_validation.pdf.gz	508.7 KB	表示
XML形式データ	6rim_validation.xml.gz	171.5 KB	表示
CIF形式データ	6rim_validation.cif.gz	242.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/6rim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/6rim	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5h2d-d 2ihm-2 5d6n-d 5dqx-d 1csc-d 6v4d-d 5v04-d 1csi-d 3pxl-d 2jge-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative botulinum-like toxin Wo

B: Putative botulinum-like toxin Wo

C: Putative botulinum-like toxin Wo

D: Putative botulinum-like toxin Wo

E: Putative botulinum-like toxin Wo

F: Putative botulinum-like toxin Wo

G: Putative botulinum-like toxin Wo

H: Putative botulinum-like toxin Wo

ヘテロ分子

459 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Putative botulinum-like toxin Wo

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
57.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative botulinum-like toxin Wo

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative botulinum-like toxin Wo

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Putative botulinum-like toxin Wo

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.4 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Putative botulinum-like toxin Wo

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.4 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Putative botulinum-like toxin Wo

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.4 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Putative botulinum-like toxin Wo

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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8

H: Putative botulinum-like toxin Wo

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.908, 105.208, 179.621
Angle α, β, γ (deg.)	101.71, 90.00, 90.00
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Putative botulinum-like toxin Wo / BoNT/Wo 分子量: 57295.812 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Weissella oryzae (バクテリア) / 遺伝子: WOSG25_110680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069CUU9, bontoxilysin
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M CaCl2 20 % w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→58.63 Å / Num. obs: 531729 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 6.74
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.6 % / Num. unique obs: 25808 / CC_1/2: 0.472 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→58.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 5.899 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20169	26608	5 %	RANDOM
R_work	0.15074	-	-	-
obs	0.15328	505114	97.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.266 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.37 Å²	-0.75 Å²	1.41 Å²
2-	-	-0.22 Å²	-1.66 Å²
3-	-	-	-1.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→58.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29021	0	16	3415	32452

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	29976
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.012	0.017	26444
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.378	1.648	40609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.461	1.577	61595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.328	5	3633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.563	23.131	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.443	15	4869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.386	15	165
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	3873
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	34029
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	6686
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.859	2.781	14490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.859		14489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.728		18137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.728		18138
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.818		15486
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.814		15484
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.677		22472
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.05		34322
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.675		33396
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	10.856	3	29889
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	1868	-
R_work	0.281	36829	-
obs	-	-	95.24 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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