PDB-6ri3: Dodecin from Streptomyces davaonensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ri3

タイトル

Dodecin from Streptomyces davaonensis

要素

dodecin

キーワード

FLAVOPROTEIN / Dodecin

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Dodecin / Dodecin-like superfamily / Dodecin / Flavin-binding protein dodecin / Dodecin-like / Dodecin subunit-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Streptomyces davaonensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Paithankar, K.S. / Bourdeaux, F. / Grininger, M. / Ludwig, P. / Mack, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Microbiology (Reading, Engl.) / 年: 2019
タイトル: Comparative biochemical and structural analysis of the flavin-binding dodecins from Streptomyces davaonensis and Streptomyces coelicolor reveals striking differences with regard to multimerization.
著者: Bourdeaux, F. / Ludwig, P. / Paithankar, K. / Sander, B. / Essen, L.O. / Grininger, M. / Mack, M.

履歴

登録	2019年4月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ri3.cif.gz	90.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ri3.ent.gz	69.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ri3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ri3_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ri3_full_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示
XML形式データ	6ri3_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	6ri3_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/6ri3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/6ri3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r1eC 2yizS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2deh-1 3oqt-3 3onr-d 2v21-1 2dev-1 2deg-1 2cc9-1 2cie-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: dodecin

B: dodecin

C: dodecin

D: dodecin

E: dodecin

F: dodecin

48.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: dodecin

B: dodecin

C: dodecin

D: dodecin

E: dodecin

F: dodecin

A: dodecin

B: dodecin

C: dodecin

D: dodecin

E: dodecin

F: dodecin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
96.2 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.288, 72.288, 151.213
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 69 / Label seq-ID: 2 - 69

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	dodecin 分子量: 8018.866 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces davaonensis (バクテリア) 遺伝子: BN159_1333 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K4QXP8

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 10% (w/v) PEG-4000, 0.1 M NaOAc, pH 4.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.07 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 16434 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / Net I/σ(I): 28
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / Num. unique obs: 1694 / CC_1/2: 0.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2yiz

2yiz

解像度: 2.4→36.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 10.705 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.622 / ESU R Free: 0.295 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	-	5.3 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
obs	-	15514	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.12 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→36.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3257	0	0	0	3257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3324
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.448	1.633	4512
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.275	1.583	6768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.569	5	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.907	22.432	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.283	15	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.573	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	738
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.004	4.274	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.002	4.271	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.406	6.369	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.405	6.373	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.514	4.911	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.513	4.905	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.216	7.149	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.011	46.76	3286
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.01	46.791	3287
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	1869	0.11
1	2	B	1869	0.11
2	1	A	1895	0.09
2	2	C	1895	0.09
3	1	A	1880	0.1
3	2	D	1880	0.1
4	1	A	1885	0.11
4	2	E	1885	0.11
5	1	A	1904	0.11
5	2	F	1904	0.11
6	1	B	1902	0.09
6	2	C	1902	0.09
7	1	B	1882	0.11
7	2	D	1882	0.11
8	1	B	1882	0.12
8	2	E	1882	0.12
9	1	B	1875	0.12
9	2	F	1875	0.12
10	1	C	1885	0.11
10	2	D	1885	0.11
11	1	C	1907	0.11
11	2	E	1907	0.11
12	1	C	1925	0.1
12	2	F	1925	0.1
13	1	D	1893	0.12
13	2	E	1893	0.12
14	1	D	1873	0.12
14	2	F	1873	0.12
15	1	E	1876	0.13
15	2	F	1876	0.13

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	51	-
R_work	0.303	1114	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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