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- PDB-6rhd: Crystal structure of the amyloid-like TSYVGV segment from the Can... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rhd
タイトルCrystal structure of the amyloid-like TSYVGV segment from the Candida albicans Agglutinin-like protein (Adhesin) 5
要素Agglutinin-like protein 5
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid fibril from Candida albicans
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in multi-species biofilm formation / hyphal growth / single-species biofilm formation on inanimate substrate / yeast-form cell wall / hyphal cell wall / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / side of membrane / cell-cell adhesion / extracellular vesicle / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Agglutinin-like protein repeat / Agglutinin-like protein, N-terminal / Agglutinin-like protein, N-terminal, N2 subdomain / Candida agglutinin-like (ALS) / Agglutinin-like protein, N-terminal domain / Cell-wall agglutinin N-terminal ligand-sugar binding / Agglutinin-like protein / Fibrogen-binding domain 1 / Adhesion domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Agglutinin-like protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
Model detailsAdhesin
データ登録者Landau, M. / Perov, S.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Amyloid structures from a Candida albicans adhesin Structure and conservation of amyloid spines from fungal adhesins
著者: Perov, S. / Landau, M. / Lipke, P.N.
履歴
登録2019年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Agglutinin-like protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6251
ポリマ－6251
非ポリマー00
水1267
1
B: Agglutinin-like protein 5
x 36


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,48936
ポリマ－22,48936
非ポリマー00
水64936
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_515x,y-4,z1
crystal symmetry operation1_525x,y-3,z1
crystal symmetry operation1_535x,y-2,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_575x,y+2,z1
crystal symmetry operation1_585x,y+3,z1
crystal symmetry operation1_595x,y+4,z1
crystal symmetry operation1_415x-1,y-4,z1
crystal symmetry operation1_425x-1,y-3,z1
crystal symmetry operation1_435x-1,y-2,z1
crystal symmetry operation1_445x-1,y-1,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation1_465x-1,y+1,z1
crystal symmetry operation1_475x-1,y+2,z1
crystal symmetry operation1_485x-1,y+3,z1
crystal symmetry operation1_495x-1,y+4,z1
crystal symmetry operation2_415-x-1,y-7/2,-z1
crystal symmetry operation2_425-x-1,y-5/2,-z1
crystal symmetry operation2_435-x-1,y-3/2,-z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,y+3/2,-z1
crystal symmetry operation2_475-x-1,y+5/2,-z1
crystal symmetry operation2_485-x-1,y+7/2,-z1
crystal symmetry operation2_495-x-1,y+9/2,-z1
crystal symmetry operation2_315-x-2,y-7/2,-z1
crystal symmetry operation2_325-x-2,y-5/2,-z1
crystal symmetry operation2_335-x-2,y-3/2,-z1
crystal symmetry operation2_345-x-2,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation2_355-x-2,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation2_365-x-2,y+3/2,-z1
crystal symmetry operation2_375-x-2,y+5/2,-z1
crystal symmetry operation2_385-x-2,y+7/2,-z1
crystal symmetry operation2_395-x-2,y+9/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)11.770, 9.360, 16.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Agglutinin-like protein 5 / Adhesin 5


分子量: 624.684 Da / 分子数: 1
断片: Amyloid spine segment TSYVGV from Als5 (residues 369-373) secreted by Candida albicans
由来タイプ: 合成 / 詳細: TSYVGV from Als5, synthesized / 由来: (合成) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: O13368
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 16.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Reservoir contained 0.1 M Na Acet 4.6 pH, 30 %v/v MPD, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→16.72 Å / Num. obs: 1178 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 27.09 % / Biso Wilson estimate: 12.481 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rrim(I) all: 0.204 / Χ2: 0.943 / Net I/σ(I): 13.66 / Num. measured all: 31912
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.2-1.259.2810.8552.4912901421390.8420.997.9
1.25-1.3112.0380.8273.1316011521330.90.86487.5
1.31-1.3913.9350.7823.6117281291240.9270.81296.1
1.39-1.4726.50.6216.232331211220.9820.633100
1.47-1.5735.7980.6347.239021221090.9720.64389.3
1.57-1.738.0790.43711.1843411141140.9880.443100
1.7-1.8636.4080.30414.993568103980.9930.30895.1
1.86-2.0837.7140.222.83343291910.9970.203100
2.08-2.434.6670.17127.17301689870.9970.17497.8
2.4-2.9437.4290.13633.72262069700.9990.138100
2.94-4.1635.7320.11840.63200157560.9990.11998.2
4.16-16.7233.7140.10443.55118036350.9990.10697.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.2 Å16.72 Å
Translation1.2 Å16.72 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→16.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.99 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.987 / SU B: 1.424 / SU ML: 0.025 / SU R Cruickshank DPI: 0.0389 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.035
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1265 118 10 %RANDOM
Rwork0.1059 ---
obs0.1082 1059 96.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 40.05 Å2 / Biso mean: 8.367 Å2 / Biso min: 5.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0 Å20.23 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→16.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44 0 0 7 51
Biso mean---24.1 -
残基数----6
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0244
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.0241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.99360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.644393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.52455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.747201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg6.679155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.28
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.029
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.056385
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.85151
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.866591
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 8 -
Rwork0.217 75 -
all-83 -
obs--98.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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