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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rgt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the cofactor-free Aspergillus flavus urate oxidase T57A variant anaerobically complexed with 9-methyl uric acid | ||||||
![]() | Uricase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / COFACTOR-FREE OXIDASE / COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bui, S. / Lowden, S.R.J. / Steiner, R.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the cofactor-free Aspergillus flavus urate oxidase T57A variant anaerobically complexed with 9-methyl uric acid 著者: Bui, S. / Lowden, S.R.J. / Steiner, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 466.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 470.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4cw0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34258.719 Da / 分子数: 1 / 変異: T57A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-MUA / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode 詳細: 20 MG/ML UOX T57A IN 50 MM TRIS-HCL PH 8.0 SATURATED WITH 9-METHYL URIC ACID, 8% PEG 8000 - CRYSTALS GROWN ANAEROBICALLY |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION NOVA / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: OXFORD SAPPHIRE CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→14.02 Å / Num. obs: 52248 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 1.411 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 7601 / CC1/2: 0.361 / Rpim(I) all: 0.991 / Rrim(I) all: 1.738 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4CW0 解像度: 1.6→14.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.294 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.011 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→14.02 Å
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拘束条件 |
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