PDB-6rg0: Structure of pdxj

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rg0

タイトル

Structure of pdxj

要素

Pyridoxine 5'-phosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Serine phosphatase SerB / serine aminotransferase SerC / histidinol phosphatase HisB / histidinol phosphatase aminotransferase HisC

機能・相同性

機能・相同性情報

pyridoxine 5'-phosphate synthase / pyridoxine 5'-phosphate synthase activity / pyridoxine biosynthetic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.074 Å

データ登録者

Rohweder, B. / Rajendran, C. / Sterner, R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Library Selection with a Randomized Repertoire of ( beta alpha )8-Barrel Enzymes Results in Unexpected Induction of Gene Expression.
著者: Rohweder, B. / Lehmann, G. / Eichner, N. / Polen, T. / Rajendran, C. / Ruperti, F. / Linde, M. / Treiber, T. / Jung, O. / Dettmer, K. / Meister, G. / Bott, M. / Gronwald, W. / Sterner, R.

履歴

登録	2019年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rg0.cif.gz	366.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rg0.ent.gz	302.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rg0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6rg0_validation.pdf.gz	466.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rg0_full_validation.pdf.gz	490.3 KB	表示
XML形式データ	6rg0_validation.xml.gz	35.7 KB	表示
CIF形式データ	6rg0_validation.cif.gz	48.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/6rg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/6rg0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ho1S 1m5wS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ayt-1 4juq-5 5zrq-d 2c8m-2 6k7z-4 3ayt-3 3iip-3 3ayv-1 1geq-2 2e09-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase

B: Pyridoxine 5'-phosphate synthase

C: Pyridoxine 5'-phosphate synthase

D: Pyridoxine 5'-phosphate synthase

117 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase

登録者が定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Pyridoxine 5'-phosphate synthase

登録者が定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Pyridoxine 5'-phosphate synthase

登録者が定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Pyridoxine 5'-phosphate synthase

登録者が定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.050, 188.124, 192.884
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Pyridoxine 5'-phosphate synthase / PNP synthase 分子量: 29226.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 遺伝子: pdxJ, b2564, JW2548 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A794, pyridoxine 5'-phosphate synthase

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.0744→48.44 Å / Num. all: 373532 / Num. obs: 27529 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1137 / R_pim(I) all: 0.03076 / R_rim(I) all: 0.1137 / Net I/σ(I): 23.01
反射シェル	解像度: 3.074→3.184 Å / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 1.086 / Num. unique obs: 2544 / CC_1/2: 0.801 / R_pim(I) all: 0.2978 / R_rim(I) all: 1.127

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HO1, 1M5W

1ho1

1m5w

解像度: 3.074→48.438 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.88

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2485	1367	5.01 %
R_work	0.1821	-	-
obs	0.1854	27345	99.01 %
all	-	51807	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.074→48.438 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6975	0	0	0	6975

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7081
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.241	9584
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.062	4337
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1157
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1257

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0744-3.1303	0.3772	127	0.3357	2212	X-RAY DIFFRACTION	86
3.1303-3.1905	0.2934	138	0.2897	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1905-3.2556	0.3845	136	0.2729	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2556-3.3264	0.3267	143	0.2633	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3264-3.4037	0.3026	141	0.2633	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4037-3.4888	0.3211	140	0.2307	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4888-3.5831	0.3274	134	0.2287	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5831-3.6885	0.2946	139	0.2082	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6885-3.8075	0.315	142	0.1874	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8075-3.9435	0.1943	131	0.1693	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9435-4.1014	0.2316	139	0.1643	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1014-4.2879	0.2227	134	0.1573	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2879-4.5138	0.1918	133	0.1393	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5138-4.7964	0.223	136	0.14	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7964-5.1663	0.1839	138	0.1454	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1663-5.6855	0.2895	144	0.174	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6855-6.5066	0.2874	135	0.2021	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5066-8.1911	0.246	138	0.1765	2588	X-RAY DIFFRACTION	99
8.1911-48.4437	0.2017	136	0.1588	2614	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3746	1.8985	0.0047	1.6916	0.2436	2.2778	0.0139	0.1175	-0.2305	-0.2133	0.0723	-0.393	0.3474	0.3866	0.0002	0.5955	0.0545	0.0906	0.5126	0.0259	0.4318	24.5696	-7.3679	-23.1944
2	1.7228	-1.6821	0.8003	2.1244	0.1782	3.2057	-0.0491	0.605	0.2459	-0.4099	0.1901	0.17	0.0933	0.085	0.0004	0.6746	-0.0439	0.0518	0.6156	0.002	0.4022	26.077	-5.0823	-35.4542
3	0.2052	-0.0265	-0.2412	0.2084	-0.0837	0.3694	0.3733	0.303	0.4142	-0.8154	-0.2632	0.1963	0.4793	0.1046	-0.0006	0.6542	0.0115	-0.0507	0.9924	0.0222	0.4361	31.542	2.9956	-45.7858
4	0.3739	0.2454	-0.8988	1.8138	0.7449	1.4429	-0.2617	0.3216	0.1263	-0.2111	0.1023	-0.3073	-0.1135	0.0055	0.0006	0.4848	-0.0045	0.0233	0.5461	0.0682	0.4749	32.4028	10.5982	-34.4917
5	1.9283	0.9938	-0.6175	0.792	-0.3728	0.3005	0.1358	-0.0329	0.117	0.0192	-0.0373	0.1825	-0.1756	0.0672	0.0002	0.5212	0.0402	0.0616	0.4673	0.0959	0.3757	28.7407	12.244	-23.939
6	0.4331	-0.1765	-0.0203	0.5092	0.7361	0.7304	-0.1737	-0.031	0.606	0.5043	-0.0606	0.4012	-0.03	-0.1967	-0.0022	0.4835	0.0633	0.0544	0.4361	0.1564	0.6103	18.8642	8.6969	-15.5103
7	2.1631	-0.3803	0.0109	3.2188	0.4372	1.6197	-0.0702	0.1076	-0.2845	-0.1899	-0.495	-0.4205	0.2831	0.6101	-0.0041	0.3762	0.0986	0.09	0.6377	0.2789	0.544	39.2643	-10.1499	-4.6252
8	0.9599	0.9845	0.3463	1.2855	-0.373	1.617	0.2242	0.3741	0.2115	0.1037	-0.8146	-0.445	1.1393	0.9108	-0.0834	0.768	0.5058	0.2766	0.959	0.4687	1.0208	48.0816	-27.4767	-2.3011
9	2.0639	0.3012	1.4398	1.8285	0.1276	1.5173	0.0103	-0.0507	-0.4591	-0.1678	-0.0784	0.2561	0.789	-0.0192	-0.0051	0.6621	0.0881	0.0974	0.4144	0.17	0.5708	27.6809	-25.9682	-2.5703
10	0.3509	-0.4344	-0.3063	1.0634	0.8775	0.877	0.2047	-0.267	-0.4304	-0.9692	0.4937	0.7239	0.7881	-0.8686	-0.0002	0.5086	-0.0957	-0.0873	0.6642	0.1898	0.7031	2.7813	-16.4873	-18.7053
11	0.6816	-0.162	-0.3796	1.8461	-0.3327	1.169	0.1312	0.0761	-0.3777	-0.5059	-0.0256	-0.2398	0.1705	-0.428	-0.0001	0.8014	-0.0961	-0.0291	0.7336	0.0405	0.6718	7.3009	-22.4873	-22.5809
12	0.5538	-0.9752	-1.3182	1.6677	0.9727	2.5191	-0.3133	0.3259	-0.6463	-0.6009	0.2544	0.0416	0.7722	-0.3012	-0.0004	1.1763	-0.2051	-0.0834	0.8047	0.0509	1.017	0.5481	-39.6005	-22.9071
13	0.4862	-0.3323	0.4242	0.3143	-0.3554	0.2818	-0.2031	0.3614	-1.1306	0.1736	-0.0468	0.3162	1.0477	-0.3409	0.0056	0.9672	-0.1831	0.2363	0.7382	0.2862	1.2587	-5.4801	-36.6141	-5.8207
14	0.8659	1.0635	0.5233	1.0278	0.5704	0.5685	-0.1073	-0.2053	-0.1266	-0.1819	0.3359	0.0874	0.2296	-0.4696	-0.0001	0.771	-0.0946	0.0161	0.6374	0.2299	0.9094	0.8076	-27.0673	-6.4854
15	0.2493	-0.1647	-0.04	0.1319	0.0241	0.2376	-0.1562	-0.1353	0.0849	1.0105	0.4487	0.1175	0.1775	-0.2343	-0.0004	0.8349	-0.0334	-0.0293	0.6384	0.1918	0.5691	6.685	-21.3685	-1.5455
16	-0.0142	-0.2416	0.1301	1.5564	-1.0727	0.4804	-0.0014	-0.4103	0.0582	1.5274	0.7435	0.2945	-1.2508	-1.3158	0.048	0.6079	0.0648	0.1495	1.0615	0.2115	1.2265	-10.9709	2.2289	-10.0761
17	0.0687	0.0962	0.061	0.1339	0.0252	-0.0338	-0.1887	1.3569	-0.0391	0.4636	0.0982	0.1613	0.5338	-0.6468	-0.0016	1.1162	0.0802	-0.01	1.8965	0.1178	1.0998	-24.8816	1.8881	-19.3487
18	0.7087	0.1792	0.2431	0.6584	-0.3283	0.2818	-0.4744	0.331	-0.7902	0.0497	0.3127	0.0763	0.4297	0.2719	-0.0006	1.0055	0.2199	0.2602	1.415	-0.0435	1.5817	-19.0863	4.613	-24.1359
19	0.0272	0.0695	-0.0804	0.2405	-0.2449	0.1412	-0.4706	-0.0087	-0.2879	-0.84	1.1081	0.2293	1.5391	-1.0264	-0.0103	1.2684	0.3418	-0.2372	2.5992	-0.1017	1.3519	-24.9917	9.521	-30.6158
20	0.6483	0.1626	1.2399	0.8164	1.2909	2.402	0.302	0.3048	0.8658	-0.6443	0.031	-0.2195	-0.3973	-0.6739	0.0029	0.9568	0.2554	0.0559	1.166	0.4857	1.0297	-8.5758	12.0892	-28.4465
21	0.9548	0.2746	-0.16	0.2402	-0.4307	1.0442	-0.0611	0.7669	0.6469	0.0343	-0.5475	-1.9619	-0.3254	0.4877	0.0007	0.651	0.0035	-0.0766	0.706	0.2599	1.0222	0.3499	5.768	-15.8933

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 67 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 68 through 117 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 118 through 139 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 140 through 177 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 178 through 239 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 240 through 256 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 15 through 89 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 90 through 167 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 168 through 256 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 15 through 39 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 40 through 89 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 90 through 160 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 161 through 197 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 198 through 239 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 240 through 256 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 15 through 81 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 82 through 98 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 99 through 116 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 117 through 135 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 136 through 218 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 219 through 256 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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