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- PDB-6rfn: Crystal structure of T. brucei PDE-B1 catalytic domain with inhib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rfn
タイトルCrystal structure of T. brucei PDE-B1 catalytic domain with inhibitor NPD-1018
要素Phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / Parasitic phosphodiesterase / African trypanosomiasis / sleeping sickness
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / axoneme / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cell morphogenesis / signal transduction / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / GUANIDINE / Chem-K3W / Phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Singh, A.K. / Brown, D.G.
資金援助1件
組織認可番号国
European Union602666
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Alkynamide phthalazinones as a new class of TbrPDEB1 inhibitors (Part 2).
著者: de Heuvel, E. / Singh, A.K. / Boronat, P. / Kooistra, A.J. / van der Meer, T. / Sadek, P. / Blaazer, A.R. / Shaner, N.C. / Bindels, D.S. / Caljon, G. / Maes, L. / Sterk, G.J. / Siderius, M. / ...著者: de Heuvel, E. / Singh, A.K. / Boronat, P. / Kooistra, A.J. / van der Meer, T. / Sadek, P. / Blaazer, A.R. / Shaner, N.C. / Bindels, D.S. / Caljon, G. / Maes, L. / Sterk, G.J. / Siderius, M. / Oberholzer, M. / de Esch, I.J.P. / Brown, D.G. / Leurs, R.
履歴
登録2019年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphodiesterase
B: Phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,97417
ポリマ－81,2472
非ポリマー1,72715
水6,107339
1
A: Phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,54610
ポリマ－40,6231
非ポリマー9239
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4287
ポリマ－40,6231
非ポリマー8056
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.713, 116.081, 68.669
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1128-

HOH

21A-1276-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phosphodiesterase


分子量: 40623.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 565-918
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PDEB1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon plus
参照: UniProt: Q8WQX9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素

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非ポリマー , 7種, 354分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物
ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-K3W / 3-[5-[(4~{a}~{R},8~{a}~{S})-4-oxidanylidene-3-propan-2-yl-4~{a},5,8,8~{a}-tetrahydrophthalazin-1-yl]-2-methoxy-phenyl]-~{N}-(3-methoxyphenyl)prop-2-ynamide


分子量: 471.548 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H29N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.4 M sodium formate, 0.3 M guanidine, 0.1 M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→65.21 Å / Num. obs: 37946 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.28→2.29 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 388 / CC1/2: 0.864 / Rpim(I) all: 0.35 / Rrim(I) all: 0.655 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I15

4i15


解像度: 2.29→65.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 8.484 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.207 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22227 1821 4.8 %RANDOM
Rwork0.16403 ---
obs0.16689 36118 98.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.125 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.94 Å20 Å2-0.61 Å2
2--1.2 Å2-0 Å2
3----4.71 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.29→65.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5260 0 114 339 5713
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0135469
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6831.6387391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3751.57311688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6855663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.3822.297296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.78915933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9421535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2703
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026127
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021178
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3554.7942658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3474.7922657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2647.183319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.2667.1823320
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0975.2982810
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0965.32811
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.3447.7384073
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.26557.2596339
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.26657.2676340
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.287→2.346 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 135 -
Rwork0.337 2687 -
obs--99.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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