PDB-6rcz: The structure of Burkholderia pseudomallei trehalose-6-phosphatase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rcz

タイトル

The structure of Burkholderia pseudomallei trehalose-6-phosphatase

要素

Trehalose 6-phosphate phosphatase

キーワード

HYDROLASE / phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

trehalose-phosphatase / trehalose-phosphatase activity / trehalose biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Gourlay, L.J.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Functional and structural analysis of trehalose-6-phosphate phosphatase from Burkholderia pseudomallei: Insights into the catalytic mechanism.
著者: Suthisawat, S. / Gourlay, L.J. / Bolognesi, M. / Boonyuen, U. / Vanaporn, M.

履歴

登録	2019年4月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rcz.cif.gz	208.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rcz.ent.gz	167.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rcz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rcz_validation.pdf.gz	211.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rcz_full_validation.pdf.gz	211.2 KB	表示
XML形式データ	6rcz_validation.xml.gz	722 B	表示
CIF形式データ	6rcz_validation.cif.gz	6.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/6rcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/6rcz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qj6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bbw-1 5dcs-d 5omj-d 3a8t-d 3bim-3 1nb5-1 3w6z-d 2yjf-3 2fvg-d 6fnf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Trehalose 6-phosphate phosphatase

E: Trehalose 6-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

57.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Trehalose 6-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Trehalose 6-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.926, 83.843, 84.978
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Trehalose 6-phosphate phosphatase 分子量: 28651.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain K96243) (類鼻疽菌) 遺伝子: otsB, BPSL2411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63SB3, trehalose-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: condition G1 (0.1 M Buffer System 1 (imidazole and MES monohydrate) pH 6.5, 50 % (v/v) Precipitant Mix 1 (40 % (w/v) PEG500, 20% (w/v) PEG20K)) from the Morpheus Screen (Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→59.683 Å / Num. obs: 35129 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.161 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.161 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.74→1.946 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.1776 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1757 / CC_1/2: 0.646 / R_pim(I) all: 0.538 / R_rim(I) all: 1.859 / % possible all: 69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.74→59.683 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.4

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2286	1788	5.09 %
R_work	0.1912	-	-
obs	0.1931	35122	62.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→59.683 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3883	0	3	173	4059

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3977
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.654	5413
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.027	3307
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	613
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	732

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7403-1.7874	0.2441	8	0.2624	97	X-RAY DIFFRACTION	2
1.7874-1.84	0.4158	10	0.3379	302	X-RAY DIFFRACTION	7
1.84-1.8994	0.3177	30	0.2823	597	X-RAY DIFFRACTION	15
1.8994-1.9673	0.2546	40	0.2659	1046	X-RAY DIFFRACTION	26
1.9673-2.046	0.3204	80	0.2442	1621	X-RAY DIFFRACTION	40
2.046-2.1391	0.2878	149	0.2514	2394	X-RAY DIFFRACTION	60
2.1391-2.2519	0.2828	170	0.2318	3071	X-RAY DIFFRACTION	75
2.2519-2.393	0.2592	175	0.2224	3489	X-RAY DIFFRACTION	85
2.393-2.5778	0.2633	213	0.2271	3955	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5778-2.8372	0.2623	210	0.2272	4133	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8372-3.2477	0.239	247	0.2065	4107	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2477-4.0917	0.2248	220	0.1671	4175	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0917-59.7183	0.1671	236	0.1423	4347	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0852	0.3433	-0.2193	3.7039	-2.9142	2.7165	-0	-0.0976	0.0177	0.3312	-0.0243	0.079	0.0669	-0.0703	0.0264	0.1903	0.0412	-0.0086	0.2849	-0.004	0.2594	90.6513	-19.1138	-4.3122
2	2.3648	-0.7123	-1.2066	0.8331	0.6814	1.6803	-0.0026	-0.2984	0.0053	0.0512	0.0481	0.0496	0.0299	0.1812	-0.0334	0.119	-0.0017	-0.0225	0.1651	0.0046	0.1133	70.823	-1.283	-4.6675
3	2.3604	0.5673	-0.5637	1.0148	0.4471	2.5657	-0.0687	0.0503	0.0836	0.1254	-0.0801	0.2172	0.036	-0.3743	0.1409	0.1392	0.0146	0.0143	0.104	-0.0104	0.1679	71.5225	-46.0356	0.3967
4	4.4621	-0.5525	0.4208	4.4009	-0.1333	3.0772	0.0514	-0.4433	0.7635	0.3587	0.088	-0.1435	-0.4501	0.3754	-0.1344	0.2473	-0.054	0.0176	0.3668	-0.0994	0.2896	62.496	-26.8326	19.3062
5	3.0022	0.3934	0.1957	1.6395	0.4958	2.8295	-0.0282	-0.0697	0.1395	0.1225	-0.0262	0.1088	-0.2145	-0.0142	0.0439	0.1037	0.0196	0.0055	0.0958	0.0203	0.112	80.4924	-42.6833	0.9421

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 266 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'E' and (resid 12 through 117 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'E' and (resid 118 through 192 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 193 through 265 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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