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- PDB-6rcy: CRYSTAL STRUCTURE OF FK1 DOMAIN OF FKBP52 IN COMPLEX WITH A BIO-I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rcy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FK1 DOMAIN OF FKBP52 IN COMPLEX WITH A BIO-INSPIRED HYBRID FLUORESCENT LIGAND
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP4
キーワードISOMERASE / FKBP52 / THE N-TERMINAL DOMAIN / Ligand / Fluorescence
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid hormone receptor complex assembly / negative regulation of microtubule polymerization or depolymerization / male sex differentiation / copper-dependent protein binding / prostate gland development / copper ion transport / nuclear glucocorticoid receptor binding / protein-containing complex localization / negative regulation of microtubule polymerization / FK506 binding ...steroid hormone receptor complex assembly / negative regulation of microtubule polymerization or depolymerization / male sex differentiation / copper-dependent protein binding / prostate gland development / copper ion transport / nuclear glucocorticoid receptor binding / protein-containing complex localization / negative regulation of microtubule polymerization / FK506 binding / androgen receptor signaling pathway / Attenuation phase / axonal growth cone / chaperone-mediated protein folding / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / embryo implantation / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / phosphoprotein binding / tau protein binding / negative regulation of neuron projection development / protein folding / protein-macromolecule adaptor activity / Estrogen-dependent gene expression / microtubule / Potential therapeutics for SARS / neuronal cell body / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / : / Chitinase A; domain 3 - #40 / Tetratricopeptide repeat / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily ...Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / : / Chitinase A; domain 3 - #40 / Tetratricopeptide repeat / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K0T / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Li de la Sierra-Gallay, I. / Byrne, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Bioinspired Hybrid Fluorescent Ligands for the FK1 Domain of FKBP52.
著者: de la Sierra-Gallay, I.L. / Belnou, M. / Chambraud, B. / Genet, M. / van Tilbeurgh, H. / Aumont-Nicaise, M. / Desmadril, M. / Baulieu, E.E. / Jacquot, Y. / Byrne, C.
履歴
登録2019年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9052
ポリマ－16,2251
非ポリマー6801
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7460 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)52.960, 52.960, 237.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP4 / PPIase FKBP4 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP51 / 52 kDa FK506-binding protein / FKBP-52 / 59 ...PPIase FKBP4 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP51 / 52 kDa FK506-binding protein / FKBP-52 / 59 kDa immunophilin / p59 / FK506-binding protein 4 / FKBP-4 / FKBP59 / HSP-binding immunophilin / HBI / Immunophilin FKBP52 / Rotamase


分子量: 16225.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL FRAGMENT / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP4, FKBP52 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02790, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-K0T / (2~{S})-5-carbamimidamido-2-[[(2~{S})-2-[[(2~{S})-1-[5-(dimethylamino)naphthalen-1-yl]sulfonylpiperidin-2-yl]carbonylamino]-4-phenyl-butanoyl]amino]pentanoic acid


分子量: 679.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H45N7O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.8M potassium phosphate, 0.8M sodium phosphate, 0.1M HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.8 Å / Num. obs: 9583 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 70.46 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Num. unique obs: 1440 / CC1/2: 0.78 / Rrim(I) all: 2.405

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N1A

1n1a


解像度: 2.3→45.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU R Cruickshank DPI: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.243 / SU Rfree Blow DPI: 0.194 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.188
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 480 5.01 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 9581 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 88.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.1862 Å20 Å20 Å2
2---8.1862 Å20 Å2
3---16.3725 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→45.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1017 0 48 12 1077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091091HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.171475HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d388SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes203HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1091HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.54
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion133SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1196SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Total num. of bins used: 24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2799 -5 %
Rwork0.2527 380 -
all0.2539 400 -
obs--91.2 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.5488 Å / Origin y: 19.855 Å / Origin z: -0.1813 Å
111213212223313233
T-0.4882 Å2-0.026 Å20.0392 Å2-0.341 Å2-0.0643 Å2---0.3285 Å2
L5.64 °2-0.2454 °22.0273 °2-2.4884 °21.0837 °2--4.6145 °2
S-0.0019 Å °-1.2705 Å °-0.0255 Å °0.1117 Å °0.0969 Å °0.0296 Å °0.2816 Å °-0.4521 Å °-0.095 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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