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- PDB-6rb3: Structural basis for recognition and ring-cleavage of the Pseudom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rb3
タイトルStructural basis for recognition and ring-cleavage of the Pseudomonas quinolone signal (PQS) by AqdC variant in complex with its substrate
要素Putative dioxygenase (1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase)
キーワードHYDROLASE / dioxygenase / alpha/beta hydrolase fold / catalytic triad / quorum sensing / Pseudomonas quinolone signal / Pseudomonas aeruginosa
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / dioxygenase activity
類似検索 - 分子機能
Uteroglobin - #20 / Uteroglobin / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-heptylquinoline-3,4-diol / Dioxygenase (1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase) / 2-heptyl-3-hydroxy-4(1H)-quinolone dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wullich, S. / Kobus, S. / Smits, S.H. / Fetzner, S.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for recognition and ring-cleavage of the Pseudomonas quinolone signal (PQS) by AqdC, a mycobacterial dioxygenase of the alpha / beta-hydrolase fold family.
著者: Wullich, S.C. / Kobus, S. / Wienhold, M. / Hennecke, U. / Smits, S.H.J. / Fetzner, S.
履歴
登録2019年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年6月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_poly_seq_scheme ...atom_site / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num ..._atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Putative dioxygenase (1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase)
A: Putative dioxygenase (1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase)
B: Putative dioxygenase (1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0186
ポリマ－89,2403
非ポリマー7783
水8,071448
1
E: Putative dioxygenase (1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0062
ポリマ－29,7471
非ポリマー2591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Putative dioxygenase (1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0062
ポリマ－29,7471
非ポリマー2591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Putative dioxygenase (1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0062
ポリマ－29,7471
非ポリマー2591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.644, 96.644, 190.138
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-546-

HOH

21B-525-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative dioxygenase (1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase)


分子量: 29746.633 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア)
遺伝子: MAB_0303 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MFK2, UniProt: A0A1M8M580*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-JWW / 2-heptylquinoline-3,4-diol / 2-ヘプチルキノリン-3,4-ジオ-ル


分子量: 259.343 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21NO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M tri sodium citrate pH 5.6 and 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.535 Å / Num. obs: 40828 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 31.34 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.04034 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.1891 / Num. unique obs: 3981 / CC1/2: 0.905

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RA2

6ra2


解像度: 2.3→47.535 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2456 2078 5.09 %
Rwork0.1952 --
obs0.1978 40828 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 153.42 Å2 / Biso mean: 41.331 Å2 / Biso min: 17.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→47.535 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6222 0 117 448 6787
Biso mean--65.89 37.41 -
残基数----801
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3-2.35350.27021190.215725492668
2.3535-2.41240.26171370.209825232660
2.4124-2.47760.281290.204925542683
2.4776-2.55050.29251170.220225492666
2.5505-2.63280.29081350.214425492684
2.6328-2.72690.27091360.216725362672
2.7269-2.83610.27261500.21725582708
2.8361-2.96520.24581420.199625392681
2.9652-3.12150.25431230.209325892712
3.1215-3.3170.25631460.214525642710
3.317-3.5730.29031360.208625842720
3.573-3.93240.2171440.180725902734
3.9324-4.50110.21661270.165326392766
4.5011-5.66940.20651540.159826492803
5.6694-47.54460.23311830.201527782961

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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