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万見
- PDB-6rax: D. melanogaster CMG-DNA, State 1B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rax
タイトルD. melanogaster CMG-DNA, State 1B
要素
  • (DNA replication licensing factor ...) x 6
  • (DNA) x 2
  • AT18545p
  • CDC45L
  • DNA replication complex GINS protein SLD5
  • IP07275p
  • Probable DNA replication complex GINS protein PSF2
キーワードHYDOLASE / Helicase / ATPase / AAA+ / DNA unwinding / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Unwinding of DNA / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / DNA endoreduplication / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / DNA amplification / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication ...Unwinding of DNA / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / DNA endoreduplication / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / DNA amplification / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / resolution of meiotic recombination intermediates / premeiotic DNA replication / mitotic DNA replication / CMG complex / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / chromosome condensation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / DNA helicase activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / helicase activity / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / DNA helicase / DNA replication / cell division / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein L9; domain 1 - #60 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1030 / Ribosomal Protein L9; domain 1 - #50 / Ribosomal Protein L9; domain 1 / DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / : / PSF2 N-terminal domain / : / : / PSF3 N-terminal domain ...Ribosomal Protein L9; domain 1 - #60 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1030 / Ribosomal Protein L9; domain 1 - #50 / Ribosomal Protein L9; domain 1 / DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / : / PSF2 N-terminal domain / : / : / PSF3 N-terminal domain / PSF1 C-terminal domain / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45 / GINS complex, subunit Psf3 / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / GINS complex, subunit Psf1 / GINS, helical bundle-like domain superfamily / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor MCM7, winged helix / DNA replication licensing factor Mcm5 / MCM4, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / : / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / CDC45L / DNA replication licensing factor Mcm2 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication licensing factor Mcm5 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / CDC45L / DNA replication licensing factor Mcm2 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication licensing factor Mcm5 / Probable DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication licensing factor Mcm7 / DNA replication licensing factor Mcm3
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.99 Å
データ登録者Eickhoff, P. / Martino, F. / Costa, A.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis for ATP-Hydrolysis-Driven DNA Translocation by the CMG Helicase of the Eukaryotic Replisome.
著者: Patrik Eickhoff / Hazal B Kose / Fabrizio Martino / Tatjana Petojevic / Ferdos Abid Ali / Julia Locke / Nele Tamberg / Andrea Nans / James M Berger / Michael R Botchan / Hasan Yardimci / Alessandro Costa /
要旨: In the eukaryotic replisome, DNA unwinding by the Cdc45-MCM-Go-Ichi-Ni-San (GINS) (CMG) helicase requires a hexameric ring-shaped ATPase named minichromosome maintenance (MCM), which spools single- ...In the eukaryotic replisome, DNA unwinding by the Cdc45-MCM-Go-Ichi-Ni-San (GINS) (CMG) helicase requires a hexameric ring-shaped ATPase named minichromosome maintenance (MCM), which spools single-stranded DNA through its central channel. Not all six ATPase sites are required for unwinding; however, the helicase mechanism is unknown. We imaged ATP-hydrolysis-driven translocation of the CMG using cryo-electron microscopy (cryo-EM) and found that the six MCM subunits engage DNA using four neighboring protomers at a time, with ATP binding promoting DNA engagement. Morphing between different helicase states leads us to suggest a non-symmetric hand-over-hand rotary mechanism, explaining the asymmetric requirements of ATPase function around the MCM ring of the CMG. By imaging of a higher-order replisome assembly, we find that the Mrc1-Csm3-Tof1 fork-stabilization complex strengthens the interaction between parental duplex DNA and the CMG at the fork, which might support the coupling between DNA translocation and fork unwinding.
履歴
登録2019年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4786
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: DNA replication licensing factor Mcm2
3: DNA replication licensing factor Mcm3
4: DNA replication licensing factor MCM4
5: DNA replication licensing factor Mcm5
6: DNA replication licensing factor Mcm6
7: DNA replication licensing factor Mcm7
X: DNA
Y: DNA
A: CDC45L
H: IP07275p
L: Probable DNA replication complex GINS protein PSF2
M: AT18545p
N: DNA replication complex GINS protein SLD5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)719,59419
ポリマ－716,79013
非ポリマー2,8036
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area67120 Å2
ΔGint-302 kcal/mol
Surface area256940 Å2
手法PISA

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要素

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DNA replication licensing factor ... , 6種, 6分子 234567

#1: タンパク質 DNA replication licensing factor Mcm2 / Minichromosome maintenance 2 protein / DmMCM2


分子量: 100537.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Mcm2, CG7538 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P49735, DNA helicase
#2: タンパク質 DNA replication licensing factor Mcm3 / Minichromosome maintenance 3 protein / DmMCM3


分子量: 91045.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Mcm3, Mcm3-RA, CG4206 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9XYU1, DNA helicase
#3: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM4 / Protein disc proliferation abnormal


分子量: 96735.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: dpa, CG1616 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q26454, DNA helicase
#4: タンパク質 DNA replication licensing factor Mcm5 / Minichromosome maintenance 5 protein / DmMCM5


分子量: 82375.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Mcm5, CG4082 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9VGW6, DNA helicase
#5: タンパク質 DNA replication licensing factor Mcm6 / DmMCM6


分子量: 92467.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Mcm6, CG4039 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9V461, DNA helicase
#6: タンパク質 DNA replication licensing factor Mcm7 / Minichromosome maintenance 7 protein / DmMCM3


分子量: 81399.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Mcm7, CG4978 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9XYU0, DNA helicase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#7: DNA鎖 DNA


分子量: 6381.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#8: DNA鎖 DNA


分子量: 2426.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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タンパク質 , 5種, 5分子 AHLMN

#9: タンパク質 CDC45L / EG:BACR7A4.11 protein / LD35753p


分子量: 65968.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CDC45L, anon-1Ec, CDC45, Cdc45, cdc45, D, dCDC45, dCDC45L, DmCdc45, Dmel\CG3658, EG:BACR7A4.11, CG3658, Dmel_CG3658
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O96989
#10: タンパク質 IP07275p / Psf1


分子量: 23333.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Psf1, CG9187-PA, Dmel\CG9187, psf1, CG9187, Dmel_CG9187
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9W0I7
#11: タンパク質 Probable DNA replication complex GINS protein PSF2 / GINS complex subunit 2


分子量: 23141.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Psf2, CG18013 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9VQY9
#12: タンパク質 AT18545p / CG2222-PA / Psf3 / isoform A / isoform B / isoform C


分子量: 24829.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Psf3, Dmel\CG2222, CG2222, Dmel_CG2222 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9W2V7
#13: タンパク質 DNA replication complex GINS protein SLD5


分子量: 26148.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Sld5, anon-WO0172774.61, Dmel\CG14549, CG14549, Dmel_CG14549
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9VBI1

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非ポリマー , 2種, 6分子

#14: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#15: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1CMG helicase bound to forked DNA in the presence of ATP, State 1BCOMPLEX#1-#130NATURAL
2CMG helicaseCOMPLEX#1-#6, #9-#131RECOMBINANT
3DNACOMPLEX#7-#81RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)7227
33Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)7227
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92754 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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