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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r9z | ||||||
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タイトル | 3D NMR solution structure of ligand peptide (Ac)EVNPPVP of Pro-Pro endopeptidase-1 | ||||||
![]() | ACE-GLU-VAL-ASN-PRO-PRO-VAL-PRO-NH2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / synthetic model peptide / Pro-Pro endopeptidase-1 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Diaz, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular determinants of the mechanism and substrate specificity ofClostridium difficileproline-proline endopeptidase-1. 著者: Pichlo, C. / Juetten, L. / Wojtalla, F. / Schacherl, M. / Diaz, D. / Baumann, U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 354.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 411.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6r4wC ![]() 6r4xC ![]() 6r4yC ![]() 6r4zC ![]() 6r50C ![]() 6r51C ![]() 6r52C ![]() 6r53C ![]() 6r54C ![]() 6r55C ![]() 6r56C ![]() 6r57C ![]() 6r58C ![]() 6r59C ![]() 6r5aC ![]() 6r5bC ![]() 6r5cC C: 同じ文献を引用 ( |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 774.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 2 mM peptide, 90% H2O/10% D2O / Label: 1H_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 2 mM / 構成要素: peptide / Isotopic labeling: natural abundance |
試料状態 | イオン強度: 0.175 M / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |