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- PDB-6r9r: Crystal structure of Csx1 in complex with cyclic oligoadenylate c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r9r
タイトルCrystal structure of Csx1 in complex with cyclic oligoadenylate cOA4 conformation 2
要素
  • CRISPR-associated (Cas) DxTHG family
  • circular RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / CRISPR ASSOCIATED PROTEIN CARF HEPN RNAse
機能・相同性CRISPR system endoribonuclease Csx1-like / CRISPR system endoribonuclease Csx1, HEPN domain / RNA / CRISPR-associated (Cas) DxTHG family
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Molina, R. / Montoya, G. / Sofos, N. / Stella, S.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure of Csx1-cOA complex reveals the basis of RNA decay in Type III-B CRISPR-Cas.
著者: Rafael Molina / Stefano Stella / Mingxia Feng / Nicholas Sofos / Vykintas Jauniskis / Irina Pozdnyakova / Blanca López-Méndez / Qunxin She / Guillermo Montoya /
要旨: Type III CRISPR-Cas multisubunit complexes cleave ssRNA and ssDNA. These activities promote the generation of cyclic oligoadenylate (cOA), which activates associated CRISPR-Cas RNases from the ...Type III CRISPR-Cas multisubunit complexes cleave ssRNA and ssDNA. These activities promote the generation of cyclic oligoadenylate (cOA), which activates associated CRISPR-Cas RNases from the Csm/Csx families, triggering a massive RNA decay to provide immunity from genetic invaders. Here we present the structure of Sulfolobus islandicus (Sis) Csx1-cOA complex revealing the allosteric activation of its RNase activity. SisCsx1 is a hexamer built by a trimer of dimers. Each dimer forms a cOA binding site and a ssRNA catalytic pocket. cOA undergoes a conformational change upon binding in the second messenger binding site activating ssRNA degradation in the catalytic pockets. Activation is transmitted in an allosteric manner through an intermediate HTH domain, which joins the cOA and catalytic sites. The RNase functions in a sequential cooperative fashion, hydrolyzing phosphodiester bonds in 5'-C-C-3'. The degradation of cOA by Ring nucleases deactivates SisCsx1, suggesting that this enzyme could be employed in biotechnological applications.
履歴
登録2019年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: circular RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')
E: circular RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')
B: CRISPR-associated (Cas) DxTHG family
A: CRISPR-associated (Cas) DxTHG family
C: CRISPR-associated (Cas) DxTHG family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,3835
ポリマ－158,3835
非ポリマー00
水4,107228
1
D: circular RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')
B: CRISPR-associated (Cas) DxTHG family
A: CRISPR-associated (Cas) DxTHG family

D: circular RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')
B: CRISPR-associated (Cas) DxTHG family
A: CRISPR-associated (Cas) DxTHG family

E: circular RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')
C: CRISPR-associated (Cas) DxTHG family

E: circular RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')
C: CRISPR-associated (Cas) DxTHG family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)316,76610
ポリマ－316,76610
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565-x,-y+3/2,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation8_565x,-y+1,-z+1/21
Buried area49910 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area105510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.480, 119.520, 358.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: RNA鎖 circular RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1271.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Although the sequence of chains D and E are the same, due to crystal symmetry, E chain just contains 2 adenosine monophophates instead 4 since the other two ones left are obtained by symmetry
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 CRISPR-associated (Cas) DxTHG family


分子量: 51946.469 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)
株: REY15A / 遺伝子: SiRe_0884 / 発現宿主: Sulfolobus islandicus (好気性・好酸性) / 参照: UniProt: F0NE21
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.89 % / 解説: Plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES PH=7.5, 20 MM LI2SO4, 30% PEG 600, 10% GLYCEROL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→78.62 Å / Num. obs: 44353 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 101.68 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.88 Å / 冗長度: 8.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 2218 / CC1/2: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QZT

6qzt


解像度: 2.7→52.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.334
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2165 4.88 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.193 44348 71.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 108.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.3236 Å20 Å20 Å2
2---5.2722 Å20 Å2
3----3.0514 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→52.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10926 132 0 230 11288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00911266HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1715222HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4079SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1899HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11266HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.92
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1464SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13037SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2946 -5.19 %
Rwork0.2562 841 -
all0.2581 887 -
obs--16.53 %
精密化 TLS

T22: -0.304 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.74580.45091.04721.98980.57412.0892-0.0688-0.14140.1038-0.2281-0.07080.5442-0.1665-0.54420.1396-0.3040.0719-0.1520.0561-0.2361-42.066665.196124.3073
23.02270.4710.31861.53450.3960.9118-0.05540.2-0.4498-0.01430.05780.33610.08-0.1879-0.0024-0.26080.0608-0.1520.0795-0.1603-39.486160.339324.8317
30.81160.1029-0.21981.23580.47392.51780.1089-0.10350.02830.0899-0.1016-0.1894-0.20850.1505-0.0073-0.08760.0462-0.04080.0319-0.2291.763831.683168.5446
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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