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万見
- PDB-6r9j: Structure of Saccharomyces cerevisiae apo Pan2 pseudoubiquitin hy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r9j
タイトルStructure of Saccharomyces cerevisiae apo Pan2 pseudoubiquitin hydrolase-RNA exonuclease (UCH-Exo) module in complex with A7 RNA
要素
  • A7 RNA
  • PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2
キーワードHYDROLASE / DEDD RNase / deadenylase / pseudoubiquitin hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


PAN complex / Deadenylation of mRNA / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / postreplication repair / P-body / mRNA processing / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PAN2, UCH domain / PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2 / : / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / PAN2 N-terminal / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. ...PAN2, UCH domain / PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2 / : / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / PAN2 N-terminal / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Cysteine proteinases / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.326 Å
データ登録者Tang, T.T.L. / Stowell, J.A.W. / Hill, C.H. / Passmore, L.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
European Research Council725685
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105192715 英国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: The intrinsic structure of poly(A) RNA determines the specificity of Pan2 and Caf1 deadenylases.
著者: Tang, T.T.L. / Stowell, J.A.W. / Hill, C.H. / Passmore, L.A.
履歴
登録2019年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2
B: A7 RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0362
ポリマ－80,0362
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area27950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.480, 116.409, 257.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2 / PAB1P-dependent poly(A)-specific ribonuclease / Poly(A)-nuclease deadenylation complex subunit 2 / ...PAB1P-dependent poly(A)-specific ribonuclease / Poly(A)-nuclease deadenylation complex subunit 2 / PAN deadenylation complex subunit 2


分子量: 77776.102 Da / 分子数: 1 / 変異: E912A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: PAN2, YGL094C / プラスミド: pACEBac1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P53010, poly(A)-specific ribonuclease
#2: RNA鎖 A7 RNA


分子量: 2259.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in all eukaryotic organisms.
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.4 M ammonium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月21日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.326→71.928 Å / Num. obs: 20507 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.326→3.42 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 1.821 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1481 / CC1/2: 0.59 / % possible all: 98.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
xia21.12データスケーリング
PHASER2.8位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CZW

4czw


解像度: 3.326→71.928 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2982 1079 5.27 %
Rwork0.2472 --
obs0.25 20482 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 343.56 Å2 / Biso mean: 151.0181 Å2 / Biso min: 71.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.326→71.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4455 107 0 0 4562
残基数----600
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3257-3.4770.45691210.38442308242996
3.477-3.66030.34211600.31152370253099
3.6603-3.88960.31511300.27372414254499
3.8896-4.18990.29111250.24862416254199
4.1899-4.61150.26631170.22632435255299
4.6115-5.27860.26931330.217524462579100
5.2786-6.64980.29851470.286524422589100
6.6498-71.94470.29551460.22292572271899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1839-1.4974-0.90578.74894.12197.0094-0.4283-0.3973-0.27320.97840.35390.55611.15150.31290.06070.91160.14860.00291.15160.00280.9299-160.9367169.7811302.4845
22.64960.2441-0.48153.098-1.59585.1958-0.17070.32320.2352-0.5923-0.1023-0.1230.06660.10790.30750.7259-0.06370.03651.2425-0.03880.7538-156.3617174.1367282.6806
31.9227-0.55160.58133.7413-1.80663.9430.2323-0.1528-0.21140.2124-0.3391-0.10140.3564-0.15710.10390.95910.015-0.0221.099-0.0780.8813-156.4109155.87305.4181
45.8129-6.199-5.19986.61835.60345.05280.48360.78642.37686.5803-0.4376-3.36020.9227-0.2264-0.1583.1756-1.3147-0.44862.82140.15752.0483-145.3783156.133322.8324
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 462 through 544 )A462 - 544
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 545 through 758 )A545 - 758
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 759 through 1110 )A759 - 1110
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 7 )B3 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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