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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r95 | |||||||||
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タイトル | The solution NMR structure of cis-dicarba-brevinin-1BYa in 33% trifluoroethanol | |||||||||
![]() | Brevinin-1BYa | |||||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / cationic / rana-box / antimicrobial peptide | |||||||||
機能・相同性 | Frog antimicrobial peptide, brevinin-1 type / Frog antimicrobial peptide / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Brevinin-1BYa![]() | |||||||||
生物種 | Rana boylii (カエル) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | |||||||||
![]() | Timmons, P.B. / O'Flynn, D.P. / Conlon, J.M. / Hewage, C.M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Insights into conformation and membrane interactions of the acyclic and dicarba-bridged brevinin-1BYa antimicrobial peptides. 著者: Timmons, P.B. / O'Flynn, D. / Conlon, J.M. / Hewage, C.M. #1: ジャーナル: J. Pept. Res. / 年: 2003 タイトル: Isolation of peptides of the brevinin-1 family with potent candidacidal activity from the skin secretions of the frog Rana boylii. 著者: Conlon, J.M. / Sonnevend, A. / Patel, M. / Davidson, C. / Nielsen, P.F. / Pal, T. / Rollins-Smith, L.A. #2: ジャーナル: Eur. Biophys. J. / 年: 2011 タイトル: Synthesis, conformational analysis and biological properties of a dicarba derivative of the antimicrobial peptide, brevinin-1BYa. 著者: Hossain, M.A. / Guilhaudis, L. / Sonnevend, A. / Attoub, S. / van Lierop, B.J. / Robinson, A.J. / Wade, J.D. / Conlon, J.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 611.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6g4vC ![]() 6g4xC ![]() 6r96C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2577.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: AGL = allylglycine An intramolecular vinylic bond exists between the residues AGL-18 and AGL-24. 由来: (合成) Rana boylii (カエル) / 参照: UniProt: P84111 |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1.35 mM NA- dicarba-brevinin-1BYa, trifluoroethanol/water Label: sample_1 / 溶媒系: trifluoroethanol/water |
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試料 | 濃度: 1.35 mM / 構成要素: dicarba-brevinin-1BYa / Isotopic labeling: NA- |
試料状態 | イオン強度: 0 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 7.4 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: medoid | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |