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- PDB-6r7p: Crystal structure of oxidized Aquifex aeolicus NADH-quinone oxido... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r7p
タイトルCrystal structure of oxidized Aquifex aeolicus NADH-quinone oxidoreductase subunits NuoE and NuoF S96M
要素(NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / respiratory chain / complex I / NADH ubiquinone oxidoreductase / Fe-S clusters
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Soluble ligand binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #600 / SLBB domain / de novo design (two linked rop proteins) / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like ...Soluble ligand binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #600 / SLBB domain / de novo design (two linked rop proteins) / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Nuo51 FMN-binding domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Thioredoxin-like superfamily / Roll / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH-quinone oxidoreductase subunit E
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Wohlwend, D. / Gnandt, E. / Friedrich, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationRTG 1976 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A mechanism to prevent production of reactive oxygen species by Escherichia coli respiratory complex I.
著者: Schulte, M. / Frick, K. / Gnandt, E. / Jurkovic, S. / Burschel, S. / Labatzke, R. / Aierstock, K. / Fiegen, D. / Wohlwend, D. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Friedrich, T.
履歴
登録2019年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,59417
ポリマ－134,2824
非ポリマー2,31213
水2,000111
1
A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3759
ポリマ－67,1412
非ポリマー1,2347
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2198
ポリマ－67,1412
非ポリマー1,0786
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.410, 114.640, 187.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E


分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pETBlue-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#2: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH dehydrogenase I subunit F / NDH-1 subunit F


分子量: 48567.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoF, aq_573 / プラスミド: pETBlue-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: O66841, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

-
非ポリマー , 7種, 124分子

#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.32 % / Mosaicity: 0.57 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: (NH4)2SO4, BisTris, NaCl, cryo-protection with glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.22→38.21 Å / Num. obs: 22909 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.269 / Rpim(I) all: 0.11 / Rrim(I) all: 0.291 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.22-3.486.80.8946550.7950.3670.964100
8.52-38.215.10.04513050.9990.020.04996.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.2.1データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Q9K

6q9k


解像度: 3.22→31.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 57.764 / SU ML: 0.471 / SU R Cruickshank DPI: 0.4746 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.554
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2572 1112 4.9 %RANDOM
Rwork0.2079 ---
obs0.2104 21749 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 172.8 Å2 / Biso mean: 60.227 Å2 / Biso min: 5.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.66 Å20 Å2-0 Å2
2--2.43 Å20 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.22→31.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9104 0 101 111 9316
Biso mean--68.39 32.15 -
残基数----1146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0139517
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178860
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3211.64912889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1211.58120613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.67351156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80722.72478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.177151649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9141552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021948
LS精密化 シェル解像度: 3.22→3.303 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 77 -
Rwork0.325 1576 -
all-1653 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.612-10.216-3.07039.43970.65693.9059-0.08750.3332-0.5546-0.2719-0.09020.13320.4816-0.19840.17770.6962-0.19820.04020.4637-0.2650.883611.2642-18.5546-58.1359
20.4894-1.775-0.90511.84343.21191.9309-0.19670.3981-0.4040.0276-0.28140.71760.6869-0.74850.4780.5985-0.2325-0.06130.6896-0.44490.754914.6818-11.311-61.9919
31.6526-1.02761.796611.1936-0.1432.29550.50560.3767-0.0923-0.613-0.61780.58160.4903-0.02270.11210.5278-0.0348-0.08740.8281-0.26730.134314.8557-8.3293-68.0809
40.2687-0.618-0.757510.46860.28042.676-0.15270.05910.0252-0.52880.3873-0.6730.63740.0961-0.23460.23230.07630.0120.5839-0.23880.315235.1573-7.4005-60.7811
57.933-0.87410.89818.03476.95596.84090.06040.7274-0.4443-0.72160.4299-0.6801-0.1520.7754-0.49030.61660.19720.20720.4448-0.02980.257843.2276-12.0693-60.4088
66.71490.7522-0.17276.6731-0.87584.65520.01520.1096-0.08950.1458-0.0096-0.14180.09550.2846-0.00570.27380.0803-0.02520.12120.00360.007539.0588-7.3041-52.0691
75.07550.57610.59951.44760.151.7713-0.02390.26990.419-0.16490.15040.1202-0.2123-0.0036-0.12660.2796-0.03070.00310.0820.08180.100321.906512.5986-47.9722
84.96530.06230.18912.84540.15475.0544-0.05730.9839-0.1647-0.425-0.098-0.12640.03660.4510.15540.6686-0.05830.04350.9020.07690.51939.795813.2774-72.5102
95.26672.479712.490912.06141.610131.3588-0.1906-0.31440.33490.3055-0.65050.0569-0.4883-0.6650.84110.630.0190.02730.4497-0.09890.7074-19.5221.6917-13.7045
101.2061-0.98991.47127.33921.53342.99-0.126-0.38940.3242-0.2301-0.44740.4423-0.3721-0.74350.57340.530.05950.12560.5372-0.26770.4596-20.0258.9984-13.0676
113.35930.1111-2.44530.92981.56164.88840.2835-1.52650.74080.0373-0.36420.4232-0.4650.36230.08070.59420.10730.12691.0194-0.32480.479-9.638611.1532-5.9079
125.47425.23180.78689.5017-1.39611.2334-0.2596-0.4123-0.15610.580.063-0.8644-0.5142-0.02550.19650.4462-0.134-0.03210.7579-0.370.282212.8039.8077-10.9246
137.7108-1.9531.70681.8868-1.52861.29640.1466-0.57760.19610.3034-0.12420.1208-0.250.1537-0.02240.3536-0.11770.09950.291-0.06660.18414.22526.4458-15.9135
1410.5013-4.7008-3.5384.6623-2.95019.25220.5019-0.51310.7962-0.3809-0.0152-0.19380.04050.6016-0.48680.406-0.1356-0.05480.3175-0.06970.355611.357412.3687-22.3897
155.47950.0230.27541.58580.35382.57880.0827-0.2391-0.28740.24020.07460.04410.1185-0.208-0.15730.20650.0316-0.03160.10020.07260.0742-15.5989-9.2857-23.8449
163.0756-0.1184-0.23420.85780.06266.48320.1058-0.8431-0.21950.583-0.1557-0.02930.37440.4460.04990.5630.0206-0.05980.47950.05250.34967.1742-16.2682-10.6742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2A22 - 51
3X-RAY DIFFRACTION3A52 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4A75 - 93
5X-RAY DIFFRACTION5A94 - 121
6X-RAY DIFFRACTION6A122 - 160
7X-RAY DIFFRACTION7B3 - 326
8X-RAY DIFFRACTION8B327 - 419
9X-RAY DIFFRACTION9C8 - 14
10X-RAY DIFFRACTION10C15 - 39
11X-RAY DIFFRACTION11C40 - 90
12X-RAY DIFFRACTION12C91 - 118
13X-RAY DIFFRACTION13C119 - 144
14X-RAY DIFFRACTION14C145 - 160
15X-RAY DIFFRACTION15D3 - 236
16X-RAY DIFFRACTION16D237 - 418

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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